التلوث الداخلي Endogenous Contamination
 
حصول تغيير في السلالات المستعملة كلقاح للعمليات الإنتاجية ويطلق عليها أيضاً تلاشي السلالات اذ تتغير الصفات الوراثية (الجيدة) للمزارع أو السلالات وذلك نتيجة لانتخاب أنماط وراثية أو ضروب تنشأ نتيجة للطفرات الوراثية التلقائية أو نتيجة لتكاثر ضروب أو أنماط كانت موجودة أصلاً في اللقاحات ولكن بكميات قليلة غير محسوسة وتصبح مثل هذه الضروب خطرة جداً فيما إذا كانت متطبعة أو متأقلمة للظروف المطبقة في المخمرات الصناعية حيث أنها ستنمو بسرعة وتتغلب على الأنماط الوراثية ذات الإنتاجية العالية.