بناء النماذج بالمقارنة Comparative Modeling

بناء او تصميم موديل للبروتينات بشكل خاص يعتمد على الذرات ويعرف ايضا ب Homology Modeling . يتم عادة للبروتينات المستهدفة لايجاد تراكيب ثلاثية الابعاد وذلك بالمقارنة بالبروتينات المشابهة التي تكون بمثابة قالب . وذلك لان ايجاد الموديل او التركيب الثلاثي يتم باستعمال X-Ray للتركيب البلوري للبروتين او استعمال الرنين النووي المغناطيسي NMR ، ولكن في بعض الاحيان لا يمكن اجراء مثل هذه العمليات خاصة للبروتينات  الغشائية التي يصعب بلورتها . وتوجد مراكز للقيام بذلك وان كان بالامكان القيام بها باستعمال حواسيب كفوءة باستعمال برامج خاصة بذلك . وفيها يقسم البروتين المراد ايجاد تركيبه الى قطع ومن ثم ايجاد المشابه لهذه القطع من القوالب Templates، ثم تجميع النواتج ويكون ذلك بخطوات متتالية . وهذه الطرق يمكن ان تعطي موديلات تركيبة بنوعية جيدة عندما يكون الهدف والقالب قريبة من بعضها . ان ايجاد التركيب الثلاثي للبروتينات يساعد في معرفة الوظائف التي يقوم بها البروتين فضلا عن انها الاساس في اكتشاف وتصميم الادوية .