UniProt Database
 
قاعدة بيانات (Universal Protein Resource) أنشأت من دمج قواعد أخرى وتعد الأساس في التعامل مع البروتينات نظرا" لسهولة التعامل معها ولها تطبيقات واسعة . والمعلومات فيها تكون على ثلاث مستويات
- المستوى الأول  UniProt Knowledge Database) UniProt KB ) ويعد هذا الأساس او المنطلق للوصول الى البيانات الدقيقة حول البروتين من حيث الوظيفة والتصنيف وغيرها من النواحي ، وهذه تكون مربوطة بقاعدة البيانات السويسرية و TrEMBL وتختلف كمية المعلومات والتطابقات وفق القاعدة المستعملة وبشكل خاص فأن قاعدة البيانات السويسرية تكون الأفضل لأنها الأوسع .
- المستوى الثاني  Reference Cluster Database ) UniRef ) وهذا المستوى يزود بمعلومات حول المجاميع العنقودية للبروتينات الموجودة في المستوى الأول التي لها تماثل في التواليات يتراوح بين 100 % ثم 90 % ثم 50% .
- المستوى الثالث Archive Database ) Unipare) وهو مستوى من القاعدة تحوي كافة المعلومات العامة المتوفرة حول تواليات البروتينات الموجودة في القاعدة .
قاعدة  Munich Information Center for Protein Sequences) MIPS) القاعدة توفر إمكانيات كبيرة لدراسة البروتينات ، اذ يمكن بواسطتها اختيار الكائنات الحية المرتبة وفق النظام الهجائي ، وكل مدخل منها يرتبط ب NCBI وقواعد تصنيفية . وتوفر القاعدة البروتينات المراد التحري عنها واصطفاف لأفضل تطابقات BLAST المتوفرة ، وفي حالة الجينومات غير المكتملة تظهر القاعدة المناطق المجاورة . وتكون الجينات المشفرة للبروتينات مفصولة عن تلك الخاصة ب RNA والتي تكون مفصلة بدورها الى tRNA , rRNA والجزيئات الأخرى فضلا" عن إدراج تراكيب العروة Stem – Loop Structures لهذه الجزيئات . وتوفر القاعدة بيانات أخرى كثيرة منها إدراج البحوث والنشرات حول الموضوع