بما أنه من الصعب التحكم ببعض المخلفات الكيميائية أو التخلص منها، فمن المنطقي السؤال أولا فيما إذا كانت هناك حاجة إلى هذه النفايات بداية.

على جانب آخر من إدارة النفايات فإن الحد من التلوث يعتبر أكثر نجاحا وفعالية من عملية التخلص من مواد النفايات السامة. هذا الأمر بدوره يطرح وبوضوح الحاجة إلى وجود شخص يدرس عمليات التصنيع ويحدد كيف تنتهي بعض المواد الكيميائية عبر مجرى النفايات فعلى سبيل المثال في حال كان تركيز المعادن الثقيلة مرتفع ضمن مجرى النفايات مثل الكروم والزنك، فمن المحتمل أن هذا التلوث بالمعادن حدث خلال عمليات الإنتاج، وفي هذه الحالة يجب السؤال عن كيفية منع حدوث هذا التلوث. في معامل الطلاء الكهربائي على سبيل المثال يتم استخدام طرائق مناسبة لمنع إنسكاب المحاليل على الأرض وبذلك توفر على المعمل إجراء عمليات معالجة مكلفة لاستعادة المعادن.

تستخدم العديد من المعامل محاليل حمض الليمون عوضاً عن المحلات العضوية. كما يمكن أن يتم استبدال الماء والمنظفات بمنظفات تعتمد على الأسيتون، حيث أن الغسل باستخدام الماء يتطلب عادة التجفيف بالحرارة، في حين أن الأسيتون يجف من خلال تبخره في الهواء.

إن الحد من التلوث بالمواد الخطرة هو خيار أساسي ومهم للصناعة، وكل الشركات الصناعية الرئيسية في العالم تدرس الطرائق الأنسب للحد من كمية النفايات الخطرة التي تنتج عن فعالياتها.