لقد كان العلاّمة مفكّراً وفيلسوفاً وحكيماً متألِّهاً ، لم يكن ليمرّ على المطالب العلمية بسهولة ، فإذا لم يصل إلى عمق المطلب ويكشف جميع جوانبه لم يكن يرفع عنه أبداً ، إذ كان ميّالاً بفطرته إلى التفكير في المسائل الكليّة العائدة إلى الكون وقوانينه ، فأحاط بالمناهج الفلسفية المختلفة .

لم يكن يخرج عن دائرة البرهان في الأبحاث الفلسفية ، ولم يخلط بين المسائل الفلسفية والمسائل الشهودية والعرفانية والذوقية .

كان يحرص كثيراً أن ينحصر البحث في كل فرع من العلوم حول مسائل ذلك العلم وموضوعاته وأحكامه دون الخلط بين العلوم .

كان السيد الطباطبائي مفكراً كبيراً وكان لتفكيره أبعاداً مختلفة ، في التفسير والفلسفة كما في العرفان والأخلاق. وبلغ القمّة في دراسة العرفان النظري ولكنّه ضمّ إليه العرفان العملي بتهذيب النفس والتقوى. فكان جامعاً بين العلم والعمل ، فقد كان ضليعاً بالعلوم النظرية في الوقت نفسه الذي كان حريصاً على مراقبة نفسه وتربية طلاّبه.

أما بالنسبة لمنهجه التفسيري ، فقد اعتمد منهج تفسير الآيات بالآيات ، فجعل أساس تفكيره رفع إبهام القرآن بالقرآن .

وقد صرّح أن هذا الأسلوب هو أسلوب أستاذه الميرزا علي القاضي . وكان العلاّمة الطباطبائي بعدما ينتهي من تفسير الآيات يعقبها ببحوث اجتماعية وفلسفية وأخلاقية وتاريخية . وقد خدم تفسير «الميزان» الحديث ، فعرض قسماً من الأحاديث الواردة حول الآيات على القرآن الكريم وفصل الموافق على المخالف .

وقد حظي العلاّمة الطباطبائي بمنزلةٍ رفيعةٍ عند كثير من علماء عصره ومراجعه ، لا سيما السيد البروجردي ، مرجع الطائفة آنذاك ، الذي كان يشيد بتفسير الميزان ويحرص على قراءة أجزائه التي تُطبع تباعاً .