تفضيل الشفرات Codon Preference

تفضيل استعمال بعض الشفرات على الاخرى عند توفر اكثر من شفرة وراثية للحامض الاميني الواحد ، ويطلق عليها Codon Usage . وتختلف الاحياء تفضيلها لاستعمال الشفرات اعتمادا على عوامل كثيرة منها محتوى جينوم الاحياء من GC والبيئة التي يعيش فيها الكائن والمسار الذي سيدخله الحامض الاميني .

فالأحياء الحاوية على كميات كبيرة من GC فان الأفضلية في الموقع الثالث هي اما C او G والتي تصل الى 90 % من الحالات ، اما الاحياء ذات المحتوى الواطيء من GC فانها تفضل T او A في الموقع الثالث للشفرة ، ولذلك فان الانواع البعيدة عن بعضها ولكن حاوية على كميات متشابهة من GC قد تحتوي على القاعدة النتروجينية نفسها في الموقع الثالث وعند استعمال الحوامض الامينية تظهر تشابها كبيرا ولكن على اسس خاطئة ، ولذلك فان الموقع الثالث من الشفرة بدلا من ان يساعد في إعطاء معلومات اكثر فانه يعطي تحيزا في التحليل .
وكذلك الحال مع الشفرة الاولى فكل الخلايا بدائية النواة تبدأ بشفرة الميثايونين الحاوية على Formyl لذلك خاصة بالنسبة للموقع الاول والثالث فانها تؤدي الى نتائج مضللة .
وقد وضعت جداول او كشافات احصائية وبرامج خاصة لتحديد استعمال الشفرات مع القيم الاحصائية لبعض الكائنات . وقد انشئت قواعد بيانات خاصة ووضعت جداول خاصة بالموضوع والجدول التالي يوضح تفضيل الشفرات لبعض الاحياء المجهرية .