إن مصحف الإمام علي (عليه السلام) ومصحف عثمان لا يختلفان عن بعضهما في عدد السور ، ولا في عدد الآيات ، لا بل إنهما لا يختلفان في كلمة ولا حرف ، وإنما الاختلاف الوحيد بينهما هو في ترتيب السور . فالإمام علي (عليه السلام) رتب السور في مصحفه حسب تسلسل النزول ، وهو ما نلاحظه ايضاً في مصحف ابن عباس ، في حين روعي في مصحف عثمان ترتيب آخر ، وهو طول السورة وقصرها بشكل عام. وفي الواقع عندما احرق عثمان جميع المصاحف التي في أيدي الناس وهي لمشاهير الحفظة من الصحابة ، وأمرهم بقراءة قرآنه ، أمر الإمام علي (عليه السلام) شيعته وأتباعه بالتزام مصحف عثمان ، وذلك حتى لا تتعدد المصاحف.

هذا ويتميز مصحف الإمام علي (عليه السلام) كما ذكرت الروايات ، بأنه حوى إضافة إلى متن القرآن ، تأويل كل آية وتفسيرها وسبب نزولها وفيمن نزلت ، وبيان ناسخها ومنسوخها . . . ولهذه المعلومات أهمية بالغة في فهم القرآن على الوجه الصحيح الذي أراده الله ، فهي تعد ثروة كبيرة لو أخذ الناس بها.