تستطيع الثمالات في المقر التحفيزي ان تعمل كحافزات حمضية - قاعدية:

عند ارتباط الركيزة بالمقر التحفيزي يصبح من الممكن للمجموعات الوظيفية المشحونة (أو القابلة للشحن) للسلاسل الجانبية لثمالات الأمينوأسيل المحاورة أن تساهم في التحفيز بعملها كحفازات حمضية أو قاعدية.

هناك فئتان كبيرتان للتحفيز الحمضي القاعدى بالإنزيمات: التحفيز الحمضي (أو القاعدى) العام والنوعي. وهناك تفاعلات تتغير معدلاتها استجابة لتفيرات تركيز البروتونات (؛H) أو أيون الهيدرونيوم (+H3O) ولا تتأثر بتراكيز الأحماض أو القواعد الأخرى الموجودة في المسلول. يقال عن هذه التفاعلات إنها خاضعة لتحفيز حمضي نوعي أو تحفيز قاعدي نوعي. وأما التفاعلات التي تكون سرعاتها مستجيبة لكل الاحماض (مانحات البروتون) أو القواعد (متقبلات البروتون) الموجودة في المحلول، فيقال إنها خاضعة لتحفيز حمضي عام أو قاعدي عام.