تتميز المذنبات عن الكواكب السيارة أيضاً من حيث مدارها المفلطح جداً حول الشمس، فمعظم مدارات المذنبات تأخذ شكل قطع ناقص (الإهليلج المفتوح من إحدى نهايتيه) وهذا يجعل المذنبات بعيدة عن الشمس في معظم فترة دورانها حول الشمس، وتختلف نسبة التفلطح في المدارات من مذنب لآخر.

 و تقسم مدارات المذنبات إلى قسمين رئيسيين : 

1- المدارات طويلة الأمد Long Period :

وهي مسارات المذنبات التي مداراتها ذات القطع المكافئ شديد التفلطح، لذلك فهي تقضي فترة طويلة جداً بعيدة عن الشمس، ولا ترى هذه المذنبات عادة سوى مرة واحدة فقط، لأنها تزور الشمس ثم تعود إلى أعماق الفضاء دون رجعة، كما أن عدد هذه المذنبات قليل جداً قياساً بعدد المذنبات المشاهدة من الأرض، وخير مثال على هذه المذنبات هو مذنب (كوهوتيك) الذي يدور حول الشمس مرة واحدة كل 13000 عام، ومع ذلك فظهور هذه المذنبات عادة ما يكون مميزاً، إذ تظهر لامعة جداً ولها ذيل طويل بحيث يكون شكلها مثيراً.

2- المدارات قصيرة الأمد Short Peiod :

وهذه مسار مذنبات لها مدارات ذات قطع ناقص، وترى عدة مرات خلال فترة زمنية قصيرة نسبياً ، وذلك بسبب ضيق مداراتها، أي تظهر في السماء بشكل دوري، وعادة لا تخرج هذه المذنبات من حدود المجموعة الشمسية، كما أن أعمار هذه المذنبات قصيرة نسبياً، وذلك بسبب كثرة اقتراب المذنب من الشمس فيخسر المذنب جزءا كبيرا من مادته في كل زيارة للشمس، مما قد ينهي حياة المذنبات باصطدامها بأحد الكواكب السيارة العملاقه مثل حادثة اصطدام مذنب شوميكر-ليفي بالمشتري خلال شهر تموز سنة 1994م ، أو اصطدامها بزحل، أو حتى بالكواكب الصغيرة. وأفضل مثال للمذنبات التي لها مدار قصير الأمد هو المذنب (إنكي) Encke الذي حسب مداره الفلكي الألماني (جوهان إنكي)Johan Encke سنة 1819م، وعرف أن مداره قصير الأمد ويدور حول الشمس مرة واحدة كل 3 سنوات و4 شهور، وتم مشاهدة المذنب أكثر من أربعين مرة بعد انجاز حساب مداره ، وكان يظهر في كل مرة أخفت لمعانا من المرات السابقة ، لكنه ظهر بدون ذيل سنة 1993م ووصل لمعانه إلى القدر 6.8.