تقلد الخلافة سنة 64هـ بعد أن تنازل عنها رسميا معاوية ابن يزيد فارا بدينه عن حكم ورثه عن أبيه بغير حق لقد فر من ذلك الحكم الذي لم يقم إلا بحد السيف والتبذير بأموال المسلمين والنكاية بهم وقد فضح جده وأباه في خطابه الرائع الذي أعلن فيه استقالته من الحكم وقد جاء فيه :

- إن جدي معاوية نازع الأمر من كان أولى به لقرابته من رسول الله (صلى الله عليه واله) وقديمه وسابقته أعظم المهاجرين قدرا وأولهم إيمانا ابن عم رسول الله (صلى الله عليه واله) وزوج ابنته جعله لها بعلا باختياره لها وجعلها له زوجة باختيارها له فهما بقية رسول الله (صلى الله عليه واله) خاتم النبيين فركب جدي منه ما تعلمون وركبتم معه ما لا تجهلون الأمر فكان غير أهل لذلك وركب هواه وأخلفه الأمل وقصر عنه الأجل وصار في قبره بذنوبه وأسيرا بجرمه ؛ ثم بكى وقال : إن من أعظم الأمور علينا علمنا بسوء مصرعه وبئس منقلبه وقد قتل عترة رسول الله (صلى الله عليه واله) وأباح الحرم وخرب الكعبة .

وقد تهدم بذلك ملك آل أبي سفيان على يد معاوية بن يزيد الذي هو أنبل أموي عرفه التأريخ.

ويقول المؤرخون : إنه تبرأ من أبيه ونظم ذلك في بيتين من الشعر وهما :

يا ليت لي بيزيد حين أنتسب               أبا سواه وان أزرى بي النسب

برئت من فعله والله يشهد لي              إني برئت وذا في الله قد يجب

وعلى أي حال فان مروان لم يكن يحلم بالخلافة وقد كان عازما ومصمما على البيعة لابن الزبير إلا أن عبيد الله بن زياد منعه عن ذلك وقد رشحه للخلافة الحصين فقد زعم أنه رأى في منامه أن قنديلا معلق في السماء وان من يلي الخلافة يتناوله فلم يتناوله أحد إلا مروان وقص ذلك على أهل الشام فاستجابوا له وانبرى روح بن زنباع فخطب في أهل الشام قائلا : يا أهل الشام هذا مروان بن الحكم شيخ قريش والطالب بدم عثمان والمقاتل لعلي بن أبي طالب يوم الجمل ويوم صفين فبايعوا الكبير , وتسابق الغوغاء إلى مبايعة مروان وهو أول خليفة للدولة المروانية التي عانى المسلمون في ظلالها الجور والفقر والحرمان.

ولم تطل خلافة مروان فقد كانت كلعقة الكلب أنفه , أما سبب وفاته فتعزوه بعض المصادر إلى زوجته أم خالد بنت يزيد بن معاوية لأنه عيره بها حسبما يقول بعض المؤرخين وقد انطوت بموته صفحة من صفحات الخيانة والباطل والاثم.