تستطيع الخلايا البائية والتائية التعرف على مواد مختلفة كمستضدات وبأشكال مختلفة. فالخلايا البائية تستخدم غلوبيولينات مرتبطة بسطوحها كمستقبلات، وخصوصية هذه المستقبلات هي نفسها خصوصية الغلوبيولينات المنفردة والتي تفرز بعد التنشيط من قبل خلايا البلازما. كما تستطيع الخلايا البائية التعرف على بعض المستضدات وهي في شكل ذائب soluble form مثل البروتينات (الممسوخة او المتحللة) والاحماض النووية والسكريات وبعض الدهون والنواشب haptens. وهذا بالمقارنة مع المستضدات التي تتعامل معها الخلايا التائية حيث ان الجزء الاكبر منها هو بروتينات ولكن ليس بشكلها الذائب، وهذه يجب ان تتجزأ ويتم التعرف عليها وهي بسياق جزيئة معقدات التوافق النسيجي الكبرى MHC. ويتم تجميع الخلايا التائية وظيفيا تبعا لنوع معقدات التوافق النسيجي الكبرى التي ترتبط معها، والمرتبطة مسبقا بقطع الببتيد (جزيئة بروتين المستضد)، فالخلايا التائية المساعدة Th تتعرف فقط على المستضد المرتبط بمعقدات التوافق النسيجي الكبرى من الصنف الثاني، بينما الخلايا التائية السامة Tc تتعرف فقط على المستضد عندما يكون مرتبط بمعقدات التوافق النسيجي من الصنف الاول.