قد تنجح بعض المنظمات في تطبيق برامج إدارة الجودة الشاملة، في حين يفشل بعضها الآخر. وفي الواقع فالصفات الأساسية التي تمتاز بها مبادئ إدارة الجودة الشاملة بسيطة، ويرجع السبب الرئيس لفشل هذه المنظمات في عملية التطبيق إلي ما يلي:

- عجز الإدارة العليا عن توضيح ودعم التزامها بإدارة الجودة الشاملة.

- التركيز على الفعاليات الداخلية للجودة والاهتمام بها لأنها مؤثرة على الأداء الرئيس للجودة وإغفالها حاجات العملاء الخارجيين على المدى الطويل.

التغير المستمر في القيادات مما يحول دون السيطرة على برنامج إدارة الجودة الشاملة.

- طول الوقت الذي يتطلبه إنجاز بعض الأعمال عند استخدام نموذج إدارة الجودة الشاملة.

- كبر حجم المستفيدين وتنوع فئاتهم ومطالبهم وتعارضهم في بعض الأحيان، تجعل عمليات استطلاع رضاهم تتصف بالصعوبة.

- ضعف الإمكانات المالية والمعلوماتية وخاصة في أجهزة القطاع الحكومي.

بينما أشار خالد بن سعد إلى أن من أهم العقبات التي تحول دون تطبيق نظام إدارة الجودة الشاملة قد يكون مجموعة من الأمراض المنتشرة والتي لا تحقق الجودة بالمنظمات بصفة عامة باعتبارها مزمنة ومترابطة ومعقدة وهى كما حددها إدوارد ديمنج Edward Deming وسماها بالأمراض القاتلة كالآتي:

- عدم وجود استقرار فى الهدف فكثيراً ما تقسم الأهداف إلى شهرية - ربع سنوية - سنوية وغيرها، دون العمل المستمر من أجل تحسين الجودة والوفاء باحتياجات العميل ورغباته.

- التركيز على الأرباح قصيرة الأجل العامل الأساسي فى المنظمات والذي أدى إلى عدم نجاحها هو التركيز على الأرباح دون النمو والتحسين وعلى حساب الجودة.

- إدارة المنظمة بالأرقام والزيادات الهامشية : إغفال اعتبارات أخرى؛ مثل رضاء العميل - تکوین انطباع جيد عن المنظمة - تحسين الجودة - زيادة النصيب السوقي .

- زيادة التكاليف زيادة تكاليف المنظومة الإنتاجية، سواء تدريب العاملين وقواعد البيانات والتكاليف الباهظة للصيانة وتجهيزات العمل والنظم الحديثة.

- عدم استقرار الإدارة وتغيرها الدائم بمعنى حركية الإدارة أو كثرة القفزات الوظيفية فيما بين المديرين.

- التركيز على تقييم الأداء التركيز على التقييم وليس على القيادة الواعية التي تساعد الأفراد في تحقيق معدلات جودة أعلى؛ وبالتالي تتحول الإدارة إلي إدارة بالأرقام، وتأثير ذلك في تحول معدلات أداء العاملين إلى معدلات قصيرة الأجل.

أما توفيق محمد عبد المحسن فقد أشار إلى عقبات تطبيق برنامج الجودة الشاملة في الآتي:

- تصور أن الشعارات قد تؤدى إلى تحسين الجودة.

- التدريب غير الواعي لطرق حل المشكلات واستخدام الأساليب الإحصائية؛ الأمر الذي يؤدى إلى الاستخدام غير السليم لها في تحليل البيانات؛ وبالتالي الوصول إلى نتائج خاطئة ومضللة.

- الشعور لدى الكثيرين بأن الآلات الجديدة والصيانة المستمرة والمكثفة ستؤدى إلى تحسين الجودة.

- انخفاض المستوى التعليمي بالمدارس والجامعات؛ حيث أصبحت لا تعلم المهارات اللازمة للعمل في المنظمات المعاصرة على اختلاف نظمها الإنتاجية.

- تخصيص قسم مسؤول عن الرقابة على الجودة في المنظمة بشكل دائم لا في مرحلة تأسيس منظومة الجودة فقط؛ مما يسلب المسئولية الحقيقة من العاملين بهذه المنظمة؛ حيث إن الجودة مسئولية جميع العاملين وليست مقصورة على قسم معين.

- الاتصال مع استشاري لتقديم وصفة جاهزة للجودة بدلاً من ابتكار وصفة تتفق واحتياجات المنظمة من العاملين فيها والمتعاملين معها.

- البحث عن أعذار؛ كالقول بأن مشكلتنا تختلف أو إدارة الجودة عندنا تقوم بعملها أو «لدينا رقابة الجودة» أو «إننا ننفذ المواصفات».

- عدم اهتمام الإدارة العليا وعدم تدعيمها وتأييدها ومؤازرتها لتطبيق برنامج الجودة الشاملة.

- التخطيط قصير الأجل دون التخطيط الاستراتيجي للجودة.

- فرق العمل متباعدة ولا يوجد من يسمع أو ينفذ اقتراحاتها.

- التوجه بالإنتاج الكمي وليس التوجه بالسوق واحتياجات العملاء

- القرارات تتخذ وفقاً لمعتقدات أو أفكار أو عواطف دون الاعتماد على قواعد البيانات والمعلومات الدقيقة .

- لتركيز على الكشف عن العيوب دون التركيز على الوقاية منها.