بدأ اهتمام العثمانيين بالقوة البحرية في البصرة منذ منتصف القرن السادس عشر، حيث شهد هذا الوقت ذروة الصراع العثماني - البرتغالي في مياه الخليج العربي والمحيط الهندي، وذلك من خلال الحملات البحرية العديدة التي وجهها العثمانيون الى تلك المناطق بقيادة كل من بيري ريس ومراد ريس وسيدي علي ريس. لكن العثمانيين لم يكتب لهم النجاح في تلك الحملات بسبب تفوق القوة البحرية البرتغالية. وفي غضون ذلك حاول العثمانيون جعل البصرة قاعدة لعملياتهم العسكرية في الساحل الشمالي للخليج العربي، ووضعوا مسؤوليات كبيرة على عاتق حكام البصرة، الذين كان عليهم آنذاك ان يقوموا بتزويد الاحساء والبحرين بالمؤن والمعدات وحماية حركة الملاحة في الخليج. ولكن خلال القرن السابع عشر لم تعد القوة البحرية العثمانية في البصرة تحرز تقدما مساويا مع ما احرزته الاصناف العسكرية الاخرى. وينقل لنا الرحالة البرتغالي تخيرا صورة عن السفن في اوائل هذا القرن، ففي البصرة هناك دار لصناعة السفن، وعدد كبير من المدفعية جيدة الصنع وبعض القوادس القليلة المصنوعة من قطع الخشب الصغيرة، وهي رديئة الصنع. وهذه القوادس لم تكن معدة ضد البرتغاليين بل ضد العرب. ويمكن ان يعزى سبب تدهور البحرية العثمانية الى:

1. ان الوجود العثماني في البصرة قد انتهى في أواخر القرن السادس عشر، وذلك على إثر قيام حكومة ال افراسياب في هذه المدينة، وممارستها سياسة عربية مستقلة بعيدا عن أي شكل من اشكال التبعية المباشر للسلطة العثمانية ما بين 1596-1668، ولهذا لم يعد للعثمانيين أي اتصال بالخليج العربي.

2. نظرا لابتعاد العثمانيين عن الخليج العربي انصب اهتمام العثمانيين على بناء السفن الحربية الصغيرة واستخدامها في انهار، العراق، ومن ناحية اخرى يبدو ان ال افراسياب في البصرة قد نهجوا الأسلوب نفسه فأكثروا من استعمال السفن النهرية الصغيرة لا البحرية، ذلك لأنهم احتاجوا للأنواع الاولى لصد

الهجمات الفارسية المتكررة على مدينتهم، أو استخدامها للسيطرة على القبائل العربية في منطقة الجزائر.

3. لم يعد هناك حاجة الى السفن البحرية بعد انتهاء المواجهة مع البرتغاليين في منتصف القرن السادس عشر، وعدم الاصطدام بقوة بحرية اخرى خلال القرن السابع عشر.

4. استمر تركيز العثمانيين على بناء السفن الحربية الصغيرة واستخدامها في البصرة حتى بعد عودة نفوذهم اليها في نهاية القرن السابع عشر.

في القرن الثامن عشر استمر انخفاض عدد السفن البحرية الكبيرة بشكل واضح، اما السفن الصغيرة فهناك تأكيدات كثيرة على تزايدها طوال القرن الثامن عشر، وقد استمر الضعف ملازما للقوة البحرية الموجودة في البصرة حتى نهاية حكم المماليك في العراق ولم نعد نسمع بوجود أي دور لهذه القوة في منطقة الخليج العربي.

كان القبودان باشا على رأس العاملين في القوة البحرية في البصرة، والذي تسميه المصادر المحلية باسم رئيس المراكب البحرية، أو ناظر البحرية. وكان القبودان باشا من الشخصيات المهمة ذات النفوذ الكبير في البصرة، وذلك لأنه كان يعين مباشرة من السلطان العثماني في اسطنبول، ولم يكن خاضعا للوالي أو المتسلم. ولكن منذ ان أصبح العراق تحت حكم المماليك وعقب اندماج البصرة ببغداد في مطلع القرن الثامن عشر، أصبح القبودان باشا يعين من قبل والي بغداد وتناقصت سلطاته الى حد كبير. وكان مقر القبودان باشا في البصرة في قرية المناوي الواقعة على شط العرب ما بين نهري العشار والخورة، حيث تصطف قطعات الاسطول عادة هناك. والى جانب القبودان باشا فقد كان هناك البحارة الذين كان اغلبهم من اليونانيين والايطاليين العاملين في خدمة الاسطول العثماني، اما المقاتلين الموجودين على ظهر السفن في البصرة فقد كان اكثرهم من الاتراك، ويبدو ان هناك بعض المتطوعين من السكان المحليين. وعلى الرغم من ان رواتب العاملين في الاسطول كانت تدفع من قبل الخزينة المركزية لتبعيتهم المباشرة للسلطان الا ان الامر قد تغير عندما أصبح يخصص للقبودان والعاملين معه واردات بعض المقاطعات الكبيرة في كل من بغداد والبصرة، وذلك لتأمين نفقات الاسطول كاملة. كانت مهمة السفن العسكرية العثمانية في البصرة بشقيها البحرية والنهرية هي حماية سواحل العراق وانهاره الرئيسة. ويبدو ان القوة العسكرية النهرية كانت ذات دور فعال أكثر من القوة البحرية وتاريخ العراق مليء بالحملات العثمانية النهرية التي استخدمت فيها سفن عسكرية صغيرة للقضاء على انتفاضات العشائر العربية، او لحماية الحركة التجارية في انهار العراق. اما أبرز انواع السفن في العهد العثماني في العراق فهي:

1. الغراب: وهي من السفن الحربية التي كانت معروفة في البحر الاحمر والخليج العربي، وعرفت في العراق خلال القرنين السادس عشر والسابع عشر، واستعملت هناك باعتبارها احدى السفن الحربية الصغيرة.

2. فرقاطة: تحتوي هذه على عدد من المقاعد يتراوح بين 10-17 مقعد ويبدو بان هناك نوعين من هذه السفن منها ما هو صغير ومنها ما هو كبير.

3. القاليتة: وهي سفن حربية تحتوي على 20-24 مقعدا، وهي تحمل حوالي 220 مقاتل في الحرب، وتسير بالمجاذيف والاشرعة. وهناك نوع اخر هذه القاليتة من النوع الكبير تسمى باشتردة تحتوي على 26-36 مقعدا.