موقف الأئمة (عليهم السَّلام) ازاء ثورات العلويين ينطبق إلى حد كبير على ثورة محمد النفس الزكية أيضاً، لأنّ ثورته هذه لم تخرج عن الطبيعة العامة لمجموع ثورات العلويين، ومن الطبيعي أن يكون موقف الصادق هو نفس ذلك الموقف الذي كان يتخذه الأئمّة ازاء تلك الثورات ؛ وفيما يتعلّق بثورة النفس الزكية يجب إضافة انّ الإمام الصادق (عليه السَّلام)  لم يوافق على تحركه ذلك انّ محمداً كان يستغل المهدوية آي انتظار ظهور الإمام المهدي الموعود من بيت النبوة وسمّي رسول اللّه  لصالح ثورته على نطاق واسع، وكان أبوه وأصحابه ينطلقون من هذه النقطة في نشر دعوتهم، وهكذا أصبح هذا الاعتقاد عقيدة عامة في المجتمع ؛ ولم يكن هذا الأمر بالشيء الذي يتغاضى عنه الإمام الصادق (عليه السَّلام) ، ففي الأيام الأخيرة من الحكم الأموي في اجتماع حضره مجموعة من العباسيين والعلويين كعبد اللّه المحض وابنيه محمد وإبراهيم وأبي جعفر المنصور وصالح بن علي ومحمد بن عبد اللّه حفيد عثمان في الأبواء انْتخب محمد النفس الزكية كقائد للثورة وبايعه الحاضرون ،فدعا أبوه عبد اللّه المحض الذي كان شخصية سياسية بارزة ونافذة ومن أسياد الحسنيين الإمام الصادق للمشاركة في هذا الاجتماع، ولمّا حضره أخبره عبد اللّه بما آل إليه الاجتماع فقال الصادق (عليه السَّلام)   : ما معناه : لا تفعلوا فليس اليوم زمان هذا الأمر فإن رأيت انّ ابنك هو المهدي فليس هو، وليس هذا الزمان زمان ظهوره، وإن كنت ترغب على الخروج غضباً للّه وأمراً بمعروفه ونهياً عن المنكر فواللّه أنت سيدنا ولا ندعك وحيداً في هذا ونبايع ابنك .

غضب عبد اللّه من هذا الكلام وتصوره ناشئاً عن الحسد ؛هذا ومن ناحية أُخرى فانّ الإمام الصادق (عليه السَّلام) وفي ضوء علمه ومعرفته النابعة من الإمامة كان يتنبأ بفشل ثورة محمد النفس الزكية فقد قال له في خاتمة ذلك الاجتماع انّ ابنك لا ينالها يعني الخلافة ولن ينالها إلاّ صاحب القباء الأصفر يعني المنصور ؛ وكما ينقل أبو الفرج الاصفهاني انّ الإمام الصادق (عليه السَّلام) أجاب بعد أن اتّهمه عبد اللّه بالحسد واضعاً يده على ظهر أبي العباس : إنّ هذا وإخوته وأبناءه سينالون الخلافة وليس أنت ؛ ثمّ وضع يده (عليه السَّلام) على عاتق عبد اللّه وقال (عليه السلام) : واللّه لن تنال الحكم لا أنت ولا ابناك بل ينالها هذان وسيقتل ابناك ؛ وفي تلك الفترة أي قبل فشل ثوره محمد النفس الزكية كانت نبوءة الإمام الصادق قد ذاعت في المدينة فكان الناس يرتادون بيته ويسألونه عن ذلك، وممّن راجعه أُمّ الحسن ابنة أُخت الإمام (عليه السَّلام) فقد سألته عن خروج محمد فقال (عليه السلام) : إنّه سيقتل بجانب البيت الرومي وسيقتل أخوه لأُمّه وأبيه في العراق وحوافر فرسه في الماء .

إنّ الإمام الصادق (عليه السَّلام) وإن لم يؤيد خروج محمد ولم يدعمه غير انّه لم يعارضه في نفس الوقت بل بعث بابنيه موسى و عبد اللّه لمناصرته وكانا إلى جانبه وقد آوى (عليه السَّلام) الحسين بن زيد الشهيد الذي كان من أصحاب محمد بعد فشل ثورته ؛ كما ينقل أبو الفرج الاصفهاني، وبالطبع أثار هذا غضب المنصور.

غير انّ عدم دعم الإمام للنفس الزكية لم يكن بمعنى ميله إلى الحكم العباسي أبداً ؛ بل كان يراه حكماً غير شرعي وقد تعرض (عليه السَّلام) مرات عديدة لاضطهاد المنصور وعنجهيته، وقد أحضره من المدينة للكوفة وحاول قتله، لكن اللطف الإلهي كان يبطل نوايا المنصور الشيطانية ويجعلها هباء منثوراً كلّما حاول ذلك ؛ وخلال حوادث قيام النفس الزكية تلقّى الإمام عدة مضايقات ومشاكل من قبل المنصور، ففي زحفه على المدينة عام 144 للقضاء على ثورة النفس الزكية عسكر في الزبدة ، وأمر باعتقال الإمام وإحضاره إلى هناك وخاطبه بلهجة وقحة وقاسية.

ولم يكتف المنصور بذلك بل أمر بحرق بيت الإمام في المدينة غير انّ الإمام أنقذ نفسه من بين لهيب النيران برحمة ربّه جلّ وعلا، وفي إشارة إلى نجاة إبراهيم من نار نمرود قال الإمام الصادق (عليه السَّلام)  : أنا ابن إبراهيم الخليل .