كان الامام محمد بن على بن الحسين (عليهم السلام) من بين اخوته وخليفة أبيه على بن الحسين (عليهما السلام) ، و وصيه والقائم بالامامة من بعده، وبرز على جماعتهم بالفضل في العلم والزهد والسؤدد، وكان أنبههم ذكرا وأجلهم في العامة والخاصة، وأعظمهم قدرا، ولم يظهر عن أحد من ولد الحسن والحسين (عليهما السلام) من علم الدين والآثار والسنة وعلم القرآن والسيرة وفنون الآداب ما ظهر عن أبى جعفر (عليه السلام).

وروى عنه معالم الدين بقايا الصحابة ووجوه التابعين ورؤساء فقهاء المسلمين، وصار بالفضل به علما لأهله تضرب به الامثال، وتسير بوصفه الآثار والاشعار وفيه يقول القرظي:

يا باقر العلم لأهل التقى * وخير من لبى على الاجبل

وقال مالك بن أعين الجهني يمدحه (عليه السلام):

إذا طلب الناس علم القرآن * كانت قريش عليه عيال

وإن قيل اين ابن بنت النبى * نلت بذاك فروعا طوالا

نجوم تهلل للمد لجين * جبال تورث علما حبالا

وولد (عليه السلام) بالمدينة سنة سبع وخمسين من الهجرة وقبض بها سنة أربع عشرة ومأة، وسنه يومئذ سبع وخمسون سنة وهو هاشمي من هاشميين، علوى من علويين، وقبره بالبقيع من مدينة الرسول الله (صلى الله عليه وآله).

روى ميمون القداح عن جعفر بن محمد بن عن ابيه (عليهما السلام) قال: دخلت على جابربن عبدالله الانصارى (رضى الله عنه) ، فسلمت عليه فرد على السلام، ثم قال لى : من أنت ؟ وذلك بعد ما كف بصره فقلت : محمد بن على بن الحسين ، فقال: يابنى ادن منى، فدنوت منه فقبل يدى، ثم أهوى إلى رجلي يقبلها فتنحيت عنه، ثم قال لى : ان رسول الله (صلى الله عليه وآله) يقرأك السلام فقلت : على رسول الله السلام ورحمة الله وبركاته، وكيف ذلك ياجابر؟ فقال: كنت معه ذات يوم فقال لى : يا جابر لعلك تبقى حتى تلقى رجلا من ولدى بقال له محمد بن على بن الحسين، يهب الله له النور والحكمة فاقرأه منى السلام .

وكان في وصية أمير المؤمنين (عليه السلام) إلى ولده ذكر محمد بن على بن الحسين والوصاية به.

وسماه رسول الله (صلى الله عليه وآله) وعرفه بباقر العلوم على ما رواه أصحاب الآثار ؛ وبما روى عن جابر بن عبدالله في حديث مجرد انه قال: قال لى رسول الله (صلى الله عليه وآله): يوشك أن تبقى حتى تلقى ولدا لى من الحسين (عليه السلام) يقال له محمد، يبقر علم الدين بقرا، فإذ القيته فأقرئه منى السلام.