أما ما يدل على إمامته (عليه السلام) من طريق المعجز الخارق للعادة فحديث حبابة الوالبيّة وما جاء فيه من طبعه نقش فصّه في الحجر، وما ثبت من دعائه (عليه السلام) وإيمائه إليها حتّى عادت شابّة ولها يومئذ مائة سنة وثلاث عشرة سنة.

وكذلك نطق الحجر الأسود له (عليه السلام) وقد استشهد به على محمد ابن الحنفية فشهد له بالإمامة، وكانا يومئذ بمكّة فقال لمحمد : ابدأ فابتهل إلى الله واسأله أن ينطق لك فابتهل محمد في الدعاء ثم دعا فلم يجبه فقال (عليه السلام) : أما إنّك يا عم لو كنت إماماً لأجابك. فقال له محمد : فادع أنت يا ابن أخي ، فدعا (عليه السلام) بما أراد ثم قال : أسالك بالذي جعل فيك ميثاق الأنبياء وميثاق الأوصياء لما أخبرتنا بلسان عربيّ مبين من الوصيّ والامام بعد الحسين بن عليّ ؟ فتحرّك الحجر حتّى كاد أن يزول عن موضعه ثمّ انطقه الله بلسان عربيّ مبين فقال : اللهم إن الوصيّة والإمامة بعد الحسين بن عليّ إلى عليّ بن الحسين (عليهما السلام) .

فانصرف محمد وهو يتولى علي بن الحسين (عليهما السلام).

وأورد هذا الخبر بإسناده محمد بن أحمد بن يحيى في كتاب نوادر الحكمة.

وفي هذا المعنى يقول السيد الحميري لما رجع عن القول بالكيسانيّة إلى القول بإمامة الصادق جعفر بن محمد (عليهما السلام) :

عجبتُ لكرِّ صروف الزمان * وأمر أبي خالد ذيَ البــيان

ومِن ردّه الأمر لا يــنثني * إلى الطيّب الطهر نور الجنان

عــلـيّ وما كان من عمّه * بردّ الأمانة عطـــف البيان

وتـحــكيمه حجراً أسوداً * وما كان سن بطقـه المستبان

بـــتسليم عمّ بغير امتراء * إلى ابن أخ منطقاً َباللســان

شـــهـدت بذلك حقّاً كما * شهدت بتصديق آي القـرآن

عـلــيّ أمامي ولا أمتري * وخلّيت قولي بكان وكـان

قال الصادق (عليه السلام) : كان أبو خالد يقول بإمامة محمد بن الحنفية فقدم من كابل شاه إلى المدينة فسمع محمداً يخاطب عليّ بن الحسين (عليه السلام) فيقول : يا سيّدي ، فقال له : أتخاطب ابن أخيك بما لا يخاطبك مثله ؟ ! فقال : إنّه حاكمني إلى الحجر الأسود فصرت إليه فسمعت الحجر يقول : سلم الأمر إلى ابن أخيك فإنّه أحقّ به منك ، وصار أبو خالد الكابلي إماميّاً .

وروى عنه أنّه قال : قال لي عليّ بن الحسين (عليه السلام) : يا كنكر ولا والله ما عرفني بهذا الاسم إلاّ أبي وأمّي.