ChIP) Chromatin Immunoprecipitation)

طريقة للكشف عن التداخل بين البروتينات وDNA التي تكون اساسية للعديد من الفعاليات الحيوية . وتهدف لتحديد فيما اذا كانت البروتينات ترتبط الى تواليات محددة من DNA كما في عوامل الانتساخ في الممهدات او مناطق اخرى والتعريف ب Cistromes وكذلك تحديد المواقع في الجينوم التي لها علاقة بتحوير الهستونات اي لتحديد محورات الهستونات وتوجد طريقتين N-ChIP تستعمل الكروماتين الطبيعي و X-ChIP التي تستعمل الكروماتين المرتبط Cross-Linked Chromatin .
الاولى تستعمل لدراسة البروتينات التي لها ارتباط قوي ومباشر مع DNA مثل الهستونات. اما الاخرى فتستعمل لدراسة البروتينات التي ترتبط الى DNA بشكل عابر او مؤقت لذلك احتاجت الى تثبيت هذه الارتباطات بحيث يمكن الحصول على DNA المرتبط بالبروتين المعني ، لذلك تثبت الخلايا في حالة X-ChPI بالفورمالديهايد لتثبيت DNA مع البروتينات المرتبط اليها ، ثم تحلل الخلايا ويقطع DNA باستعمال الامواج الصوتية الى قطع بين 1000- 500قاعدة ، ثم ترسب قطع DNA المرتبطة بالبروتينات باستعمال اجسام مضادة خاصة بالبروتين المعني المرتبط الى DNA وتنقى الاخيرة . ويفك ارتباط DNA من البروتين باستعمال البروتيزات ، ويؤخذ DNA ويحدد تواليه او يهجن باستعمال Microarray ويقارن مع DNA غير مرتبط الذي يستعمل كمعاملة سيطرة ثم يمكن تحديد مناطق ارتباط DNA .

وتلخص الطريقة العامة :
• ربط جزيئات DNA والبروتينات المرتبطة بها (الكروماتين ) .
• تقسم هذه المعقدات الى قطع بطول حوالي 500 قاعدة باستعمال الامواج الصوتية او استعمال الانزيمات الهاضمة للحوامض النووية .
• يتم ترسيب قطع DNA المرتبطة الى البروتينات من المحتوى الخلوي باستعمال اجسام مضادة خاصة.
• تنقية قطع DNA ويحدد تواليها الذي يعطي توالي DNA  الذي يرتبط بالبروتينات .
والطريقة موضحة في الاتي :