الهيكل التشفيري المفتوح (Open Reading Frame (ORF هو عبارة عن تعاقب نيوكليوتايدي معين يشفر بروتينا بطول 100 حامض أميني أو أكثر أو عديد ببتيد بوزن جزيئي 7-10 كيلودالتون أو أكثر فيما وجد أن الهياكل التشفيرية لفايروسات Potexviruses و Carlaviruses تشفر بروتينات وظيفية بحجم 7-9 كيلودالتون، ويأخذ الهيكل شكلا أنبوبيا كما في فايروسات Tymoviruses. توجد الهياكل في الجينومات موجبة التوجه genome Sense (+) وقد توجد أيضا في الجينومات السالبة التوجه Sense genome(-) كما في فايروسات  Tenuiviruses , Tospoviruses , Geminiviruses ويبدا التعاقب النيوكليوتايدي في هذه الهياكل عادة مع الكودون البادئ Start Codon المعتاد وهو الكودون AUG، إلا أنه قد يبدأ بكودونات أخرى حيث وجد أن الهيكل ORF1 لفايروس تدهور الرز الباسيلي (RTBV) يبدأ مع الكودون البادئ AUU فيما يبدأ الهيكل التشفيري المسئول عن تشفير كابسيد فايروس موزائيك الحنطة المحمول بالتربة (SBWMV) مع الكودون البادئ CUG وينتهي بواسطة "كودون التوقف" Stop Codon ولوحظ أنه إذا ابتدأ الهيكل التشفيري بكودون بادى غير الكودون AUG فأنه يكون أكبر حجما من الهياكل البادئة بهذا الكودون ولا يملك كودون توقف كما وجد في الفايروسات ذات الجينومات موجبة التوجه أن بعض الهياكل التشفيرية المفتوحة لا تترجم إلا من القطع الجينومية الرايبية الثانوية Subgenomic RNAs المخلقة من الخيط الأبوي حيث تعمل هذه القطع بمثابة الرنا المراسل. يحتوي الجينوم الفايروسي على تعاقبات نيوكليوتايدية أخرى ليست جزءا من الهياكل التشفيرية المفتوحة وهي على نوعين الإشارات التنظيمية Regulating Signals وهي التعاقبات الطرفية غير التشفيرية عند النهايتين 3 و 5 للجينوم والتي تعمل بمثابة أجزاء متخصصة تعمل "إشارات تعرف" Recognition Signals لتفعيل الجينات الفايروسية.