تتعدد أمراض الأسماك وتتباين في نوعها وشدتها ومسبباتها سواء في الطبيعة أو في المزارع ، إلا أن شدة كثافة التخزين في الاستزراع تؤدى إلى انتشار الأمراض بشكل أكثر ، سواء عن طريق الماء أو الغذاء ، عن طريق الطيور المائية أو الأسماك الأخرى المريضة ، عن طريق سوء الظروف البيئية أو الأعداء الطبيعية ، عن طريق الطفيليات خارجية أو داخلية ، عن طريق البكتيريا والفيروس أو الفطريات ، عن طريق الطحالب أو الملوثات بأنواعها ، فتنتشر الأمراض والأوبئة السمكية Fish epidemics مما يسبب خسارة اقتصادية في المحصول السمكي ، وإن كانت تهدد أيضا صحة الإنسان في كثير من الأحيان خاصة الأمراض التي تسببها الملوثات الميكروبية أو الكيماوية كما حدث في اليابان من ارتفاع مستوى الزئبق مما أدى إلى أنتشار مرض سمى باسم الجزيرة التي انتشر فيها التسمم Minamata disease. وهناك أمراض تسبب فقد كبير في الأسماك كالاستسقاء المعدي Infectious dropsy.

وقد تنقسم أمراض الأسماك من حيث العضو الذى تصيبه إلى أمراض جلدية أو خيشومية أو كبدية وغيرها ، ومن حيث الأنواع التي تصيبها إلى أمراض مبروك وأمراض تراوت وغيرها ، ومن حيث العمر الذى تصيبه إلى أمراض صغار الأسماك وأمراض أسماك ناضجة ، ومن حيث الموسم الذى تنتشر فيه إلى أمراض ربيع وأمراض صيف وهكذا ، ومن حيث مسبباتها إلى أمراض طفيلية وأخرى غذائية أو أمراض تخزين ، وأمراض تصيب بعض الأسماك وأخرى وبائية . قال تعالى (ظهر الفساد في البر والبحر بما كسبت أيدى الناس ليذيقهم بعض الذى عملوا لعلهم يرجعون) – الروم: 41.