قال عبد القادر الشيخاني : محمد الباقر كان اشهر أهل زمانه واكملهم فضلا واعظمهم نبلا ولم يظهر في زمنه عند أحد من علم الدين والسنن وعلم القرآن والسير وفنون الآداب مثل ما ظهر منه ..

قال الشيخ المجلسي : لم يظهر عن أحد من أولاد الحسن والحسين من العلوم ما ظهر منه أي الباقر من التفسير والكلام والفتيا والحلال والحرام ؛ وقد روى عنه معالم الدين بقايا الصحابة ووجوه التابعين ورؤساء فقهاء المسلمين فمن الصحابة جابر بن عبد الله الانصاري ومن التابعين نحو جابر بن يزيد الجعفي وكيسان السختياني صاحب الصوفية ومن الفقهاء نحو ابن المبارك والزهري والأوزاعي وأبي حنيفة ومالك والشافعي وزياد بن المنذر والنهدي ومن المصنفين نحو الطبري والبلاذري والخطيب في تواريخهم وفي الموطأ وشرف المصطفى والابانة وحلية الأولياء وسنن أبي داود ومسند أبي حنيفة وترغيب الاصفهاني وبسيط الواحدي وتفسير العياشي والزمخشري ومعرفة اصول السمعاني وكانوا يقولون : محمد بن علي وربما قالوا : محمد الباقر , وألمّ كلام المجلسي بالناحية العلمية من شخصية الامام العظيم التي استوعبت جميع المعارف وقد انتهل من نمير علمه علماء المسلمين فأخذوا عنه الفقه والتأريخ والتفسير وعلم الكلام وفنون الحكم والآداب مما يعتبر عاملا جوهريا في نشأة التطور والابداع في الفكر الاسلامي.