التركيب الثانوي : Secondary Structure

يتشكل التركيب الثانوي للجزيئات البروتينية من خلال التواء السلسلة للبتيد المتعدد بحيث تعطي أشكالاً نوعية تثبت بواسطة الروابط الهيدروجينية، وقد أثبتت الدراسات بأشعة أكس ان معظم الجزيئات البروتينية الطبيعية يلتف جزء من سلسلتها على هيئة لولب يميني الاتجاه كل دوره منه مؤلفة من (3.6) وحدة من الاحماض الامينية تتجه مجاميعها الجانبية (R) حول محيط اللولب (الحلزون) بعيداً عن محوره. وضمن هذا التركيب الملتف تأخذ مجاميع الكاربونيل ( - C = 0) والأميد (-NH) اتجاهات محددة تتيح المجال لتكوين الروابط الهيدروجينية، بحيث تكون مجموعة الأميد رابطة هيدروجينية مع مجموعة الكاربونيل التي تحتها، وروابط هيدروجينية اخرى تصله بالمجاميع التي فوقه. وتنشأ هذه الروابط الهيدروجينية بين النتروجين من أحد الارتباطات الببتيدية وأوكسجين الكربونيل من الارتباط الآخر ومكا هو موضح في الشكل المجاور :

البناء الحلزوني في الببتيدات المتعددة (حلزون – a) (a- Helix) كل دائرة تحمل المجموعات الجانبية للاحماض الامينية، الروابط الهيدروجينية تمثلها الخطوط المتقطعة. ومن الجدير بالذكر فإن الروابط الهيدروجينية الناشئة بين مجاميع ببتيدية مختلفة بإمكانها تكوين نوعين من التراكيب العامة في الجزيئة البروتينية، وهما :

• التراكيب الحلزونية (Helical Structure)، وتراكيب.
• الصفائح المنثنية (Pleated Sheets).

من خلال الدراسات البلورية (Crystalographic) التي قام بها ليناسب اولنك وروبرت كوري، وكذلك الدراسات المركزة لحيود الاشعة السينية لبعض بلورات المركبات الأميدية (Amidecompounds) ذات الوزن الجزيئي الواطئ والهادفة الى الخروج برؤيا واضحة حول التركيب الحلزوني للجزيئات البروتينية، بالإمكان تثبيت مجموعة من الأسس اللازمة لتكوين التركيب الثانوي المستقر، ومن أهم هذه الأسس :

1. تكون مجموعة الببتيد مستوية بحيث تكون أطوال الروابط والزوايا فيها مشابهة لتلك التي وجدت في بلورات الاميدات الثانوية البسيطة.
2. تشترك جميع ذرات الأوكسجين العائدة لمجموعة الكربونيل في تكوين الروابط الهيدروجينية مع ذرات النتروجين العائدة لمجموعة الأميد في السلسلة الببتيدية.
3. تقع ذرات الهيدروجين المشتركة في الروابط الهيدروجينية قريباً من الخط الذي يربط بين ذرات الأوكسجين والنتروجين المشاركة في تكوين الرابطة الهيدروجينية.
4. ان عملية الانتقال من وحدة الى اخرى تكون متشابهة لكافة الوحدات.

كما هو معروف فإن الرابطة الببتيدية تكون مستوية، لذلك تتمتع السلسلة الببتيدية بدرجتين من حرية الحركة، الأولى الدوران حول رابطة (Ca – N) وتدعى فاي )