ان  الباحثين لازالوا مختلفين حول اسباب حدوث هذه الظاهره , فبعد حدوثها عام(1972) تطورت البحوث التي تحاول معرفة أسبابها لتعميق المعرفه بها ومحاولة التنيؤ بحدوثها , ألا أن هذه الخطوه لم تتقدم كثيراً فظهرت على أثرها نظريات تحاول تفسير أصل الظاهره وأسباب نشوئها , ومنها:

1- نظرية التراخي أو خمول الرياح التجاريه :

بحسب هذ النظرية فأن النينو يحدث بسبب ضعف الضغط العالي لجنوب المحيط الهادي وضعف الرياح التجاريه الجنوبيه على طول ساحل أمريكا الجنوبيه , لذلك يضعف تصاعد الماء من الأعماق أويتوقف , مما يؤدي الى تسخين مستمر في الموقع وزيادة رفع درجة حرارة الماء ان ظاهرة التسخين تصل جنوباً الى دائرة عرض (14درجه جنوباً) , خلال فترة ضعف التجاريات , لذا فأن أنتقال الحراره المحسوسه والكامنه من المحيط الى الهواء تصبح دون معدلها , لذلك يختزن المحيط طاقه أكثر من المعدل مما يؤدي الى رفع درجة حرارة الماء , كما ان ضعف التجاريات ينتج عنه تأثير أعظم على  رفع درجة الحراره , وبالتالي فأن أنطلاق النينو يبدو كأستجابه حركيه من المحيط الهادي الى قوى الغلاف الغازي , حيث انه خلال مدة هبوب الرياح التجاريه الجنوبيه الشرقيه بقوه لأكثر من سنة تزداد دورة وولكر نشاطاً حول الضغط العالي لجنوب الهادي ولا سيما للتيار الأستوائي الجنوبي مسببه تكدس الماء في غرب المحيط الهادي الأستوائي , لذلك سيبدو هناك أنحدار في مستوى الماء من الغرب الى الشرق , وحالما تضعف التجاريات الجنوبيه الشرقيه فأن الماء المتكدس في غرب المحيط الهادي سيبدأ بالحركه شرقاً , مما يؤدي الى وصول كميات كبيره من الماء الدافئ الى سواحل الأكوادور وبيرو , وبذلك يبدأ النينو,بسبب ضعف الضغط العالي لجنوب الهادي وضعف التجاريات في كلا النصفين مع أزاحة موقع المنخفض الأستوائي الى جنوب موقعه في الصيف الجنوبي فيزيح الرياح التجاريه الجنوبيه الاعتياديه التي ينتج عنها تصاعد الماء البارد من الأعماق فينقطع تصاعدها تعددت الآراء حول أسباب تراخي الرياح التجاريه حيث ترى بعض الآراء أن هناك عوامل تحفز هذا التراخي ومنها دورة وولكر والتذبذب الجنوبي , وهي الدوره الدائرية للبحر والغلاف الغازي مسببه أرتفاع الضغط عند سواحل أمريكا الجنوبيه وأنخفاضها عبر الهادي عند أندونيسيا مؤديه الى هبوب رياح من اليابس الى الماء تدفع المياه الدافئه الى غرب الهادي بفعل الرياح التجاريه الشديدة ومنتجه تصاعد ماء بارد من الأعماق , تنعكس هذه الدوره نتيجة أختلاف ضغط الهواء بين جزيرة ايستر ومنظومة دارون في استراليا فتنتج النينو من هذه الأختلافات التي تحدث عبر معظم الهادي أذ يؤدي ارتفاع الضغط في دارون وأنخفاضه في تاهيتي في منتصف الهادي الى ضعف الرياح التجاريه فيضعف أنحباس المياه الدافئه شرقا فينعكس حركة التيار الأستوائي لينتج عنه دورة وولكر ضعيفه لكنها معاكسه لحركتها الاعتياديه (التذبذب الجنوبي ) مما يؤدي الى تحسن دورة هادلي , وان هذا التنشيط لدورة هادلي سوف ينشط الرياح التجاريه السطحيه قرب سواحل أمريكا الجنوبيه والتي بدورها تعمل على منع تدفق أستمرار المياه الدافئه عبر الهادي وهذا يعني أنتهاء ظاهرة النينو , وعندما يعاد نشاط المياه البارده في شرق الهادي , فأن دورة هادلي تضعف ويصبح الوضع جاهزاً لعودة تيار المياه الدافئه هناك رأي آخر يؤكد على أن من نتائج ظاهرة النينو في العروض المداريه تنشيطها للحركه الجويه ومن ثم زيادة فاعلية الرياح التجاريه في تحريك المياه ودفعها غرباً في فترة اللانينو التي تشكل مرحله فاصله مابين حادثتي نينو , يلي ذلك تراكم فاعل للمياه في غرب المحيط الهادي , ومن ثم نشأة النواة الأولى لبداية نينو فيما يشبه الدوره الذاتيه التي يحركها النينو نفسه التي يشار اليها بما اصطلح عليه تسمية التغذيه الأسترجاعيه  . ويرى هذا الرأي أيضأ أن تراخي الرياح التجاريه ينشط  أمواج تحت سطحيه تسمى أمواج كلفن تزيد من أنخفاض الميل الحراري قبالة سواحل أمريكا ألجنوبيه , وعلى الرغم من ان الرياح التجاريه الجنوبيه الشرقيه التي تهب على أمتداد ساحل أمريكا الجنوبيه لا تهدأ بل تستمر بدفع المياه المتجمعه لتحل محلها مياه دافئه فقيره بالمواد العضويه ونتيجةً لذلك فأن التيار المتجه غرباً بعيداًعن ساحل أمريكا الجنوبيه الأستوائيه لايضعف بفعل امواج كلفن المندفعة نحو الشرق فحسب بل سيكون اكثر دفئاً عما كان علية سابقا وبامتداده نحو الغرب سيعمل على تدفئة المحيط الهادي الاوسط لذا فان الهواء سيرتفع الى الاعلى فوق الماء الساخن جاذبا الفرع الصاعد في تجويف دوران هادلي باتجاه الشرق تتبعه الرياح الغربية التي تقوي امواج كلفن وتولد المزيد منها محدثة امطار غزيرة فوق المناطق الجافة , تطلق الحراره الكامنه التي اكتسبتها عند التبخر من سطح البحرلتنتقل الى الغرب من طبقة التروبوسفير العليا بدل من تدفقها نحو الشرق ,فتعمل دورة هادلي على نقل هذه الطاقة الى التيارات النفاثه الغربية لتدفع نظام العواصف الكبير بعيد عن خط الاستواء ليعود الهواء فيهبط فوق اندونيسيا جافا مسببا طقسا جافا. هناك راي اخر ثالث يرى ان استمرار هبوب الرياح التجارية سيعمل على تراكم المياه قرب اندونيسيا والامساك بهذه المياه الزائده وابقائها مكانها طالما قوة دفع الرياح اقوى من القوه الطارده الا ان تجمع هذه المياه عند السواحل الشرقية بكثره يضعف من قوة الرياح الدافعه والرياح الساحلية فتعمل جزر المحيط الهادي القوسية الشكل عند النطاق الغربي العريض للهادي ,عمل العدسه المقعره من خلال دفع المياه المتجمعه عند سواحلها بقوة معادله لقوة الريح الدافعة معاكسة لها بالاتجاه , وتجمع المياه عند المركز الذي يتساوى فيه قوة (الفعل للرياح) مع قوة رد الفعل (للتيار البحري المنعكس) لتعيد التوازن اذ ان المحيط الهادي خال من الرفاف والمنحدرات القاريه في الوسط وذو ارضيه بعيدة الاعماق متجانسه ومستقره , وهو حوض شبه مغلق لا تفصله عن القارات التي تمتد حوله سوى معابر بحريه ضحله , لذا لن يتعرض سير التيار المرتد الذي سيعمل على تعميق الحراره , وبما أن حرارة الأعماق متعادله مع درجة حرارة سطح البحر من خلال أنطلاق الحراره الكامنه الى الجو , فأن الأرتفاع في درجة حرارة الاعماق سيسبب زياده في درجة حرارة سطح البحر في وسط المحيط الهادي مما يؤدي الى زيادة الدفء في الجو , مكونا غيوماً محمله بالامطار فيتحرك نظام الضغط الواطىء شرقاً من فوق أندونيسيا الى وسط الهادي مما يؤدي الى أضعاف التجاريات الجنوبيه الشرقيه , ثم عكس اتجاهها شرقا عاكسا بذلك اتجاه التيار البحري السطحي مولدةً موجة كلفن التي تعمل على تجمع المياه عند السواحل الشرقية للمحيط الهادي دافعه مستوى الحد الحراري الى اعماق كبيره مما يؤدي الى قطع امدادات المياه بالغذاء عن قاع المحيط الى السطح

2- نظرية إزاحة موقع الضغط العالي في النصف الشمالي جنوب موقعه:

ترى هذه النظرية وجود ارتباط بين مظاهر الغلاف الغازي ,وان الشذوذ في حرارة البحار المدارية له تاثير في تغير موقع الجبهه الاستوائية (ITCZ) التي يكون موقعها الاعتيادي شمال خط الاستواء ونتيجة لتقدم الضغط العالي شبه المداري في النصف الشمالي جنوب موقعه سوف يسبب تقلص في نطاق الرياح الجنوبية المسؤوله عن تصاعد الماء البارد (upwelling) عند السواحل الغربية وبذلك تستطيع الرياح التجارية الشمالية الشرقية ان تعبر خط الاستواء ليصبح موقع (ITCZ) جنوب خط الاستواء,مما يسمح للمياه الدافئه في شمال خط الاستواء من العبور الى النصف الجنوبي مانعة استمرار التيار البارد قاطعة المياه الباردة ليصل تاثيرها احيانا الى دائرة عرض 15جنوبا

3- نظرية اختلاف مواز نة الطاقه المحليه بسبب تقدم اضطرابات من النصف الشمالي :

هي نظرية تركز على مفهوم الطاقة الاقليميه والحركيه وهي ذات راي مضاد لنظرية تكون النينو من تغير نظام المحيط –الغلاف الغازي فوق منطقة المحيط الهادي الاستوائي وما جاوره حيث يقترح ليتو اصل اقليمي للظاهره لها علاقه باختلاف توازن الطاقه من هجرة موضعية للاضطرابات في الدوره الشتويه شمال خط الاستواء ينتج منها تساقط مطري في المنطقه الجافه جنوب الاكوادور وشمال بيرو,عند دائرتي عرض 4-5 شمالاوبالرغم من عدم استمرارها لمده طويله الان رطوبة التربه الناتجه من الامطار تستمر حتى تتبخر ,فان الطاقه الاشعاعية المخصصه للتواصل الجاف تقل كما يقل المدى الحراري اليومي , وهذا يؤدي أضعاف ضغط الرياح على الساحل مسبباً ضعف تصاعد الماء البارد من الاعماق , ومع أختفاء تصاعده فأن الماء الدافئ يغزو المنطقه جنوب خط الاستواء من الشمال , مؤديأ الى زيادة التبخر وبالتالي زيادة سقوط الامطار , وبالنتيجه زيادة محدوده من الرطوبه مصدرها خارج المنطقه تعمل كبدايه لأنطلاق عمليه تؤدي الى استمرار التساقط من رطوبةً محليه تستمر لفتره طويله بعد أن تختفي الأضطرابات الاصليه  .

4- نظرية دورة البقع الشمسيه:

هي أحدى النظريات التي تحاول تفسير نشؤ النينو فتربطه بأختلاف كمية الاشعاع الشمسي الواصل من خارج الغلاف الجوي الذي تكون نسبته ثابته مقدارها (1,99سعرهسم2دقيقه) وتسمى هذه الكميه من الاشعه الواصله الى الارض بالثابت الشمسي الذي قد يختلف لمدةً قصيره نتيجه لظهور البقع الشمسيه في مواسم دوريه تبلغ أحدى عشر سنه بأحجام كبيره وصغيرة تعيش مابين عدة ساعات وعدة أشهر , وهي عباره عن أعاصير جباره على هيئة سحب كثيفه داكنه بأشكال وهيئات مختلفه نتيجه لتفيجيرات غير أعتياديه تحدث في الشمس تؤدي الى حدوث تغيرات في الظواهر الجويه للمناخ على سطح الارض , وبالتالي هذه النظريه تحاول تفسير عدم انتظام حدوث النينو.