الإنزيمات المنظمة تتميز عن بقية الإنزيمات بعدة مميزات منها:

1- تتميز باحتوائها على موقع منظم يختلف عن الموقع الفعال (المحفز) ترتبط فيه المواد المعدلة أو المؤثرة. التي هي عبارة عن مواد إما أن تعزز ارتباط المادة الأساس بالإنزيم وتسمى المؤثر الموجــب Positive effector أو تقلل من ارتباط المادة الأساس بالإنزيم وتسمى المؤثر السالب Negative effector

2- تعمل الإنزيمات المنظمة على تنظيم المسارات الأيضية استناداً الى حاجة الخلية والتي تقع تحت تأثير الهورمونات بطريقة غير مباشرة.

3- لا تخضع لحركة مكيلس - منتن فالرسم البياني لتركيز المادة الأساس مقابل معدل السرعة للإنزيم لا يكون بشكل منحني ذي مقطع مخروطي الشكل (6-10 ) بل تعطي الإنزيمات المنظمة منحنيين الأول شبيه بالحرف الانكليزي Sigmoid) S) والآخر منحني مسطح Flattened (الشكل 28-10).

4- تتأثر فعالية الإنزيمات المنظمة بتركيز المادة الأساس ففي الشكل (29-10) منحني (A) تكون سرعة التفاعل في البداية بطيئة، ولكن عند زيادة تركيز المادة الأساس قليلاً تعقبها زيادة كبيرة في السرعة إلى أن تبلغ السرعة القصوى V _max ويطلق على التأثير الايجابي للمادة الأساس في نشاط الإنزيم التنسيق الايجابي Positively. cooperative . أما في الشكل (-2910 منحني B) فان زيادة تركيز المادة الأساس لا تؤدي إلى بلوغ السرعة القصوى ويدعى هذا التأثير التنسيق السلبي. Negatively cooperative

5- تمتلك الإنزيمات المنظمة طاقة حرة قياسية   ΔG ^ο سالبة وبالتالي فالتفاعلات التي تحفزها تكون تلقائية وباتجاه واحد فقط .