يعاب على استخدام المنهج التجريبي ما يلي:

1 - التحيز: قد ينجم التحيز من الباحث نفسه، أو من الأشخاص الذين تجرى عليهم التجربة، خصوصاً إذا كان هؤلاء الأشخاص يعرفون مسبقاً هدف التجربة مما يجعلهم يتكلفون في سلوكهم ويبتعدون عن سلوكهم الطبيعي، أما الباحث فإنه يؤثر ويتأثر بالتجربة بشكل قد ينعكس على النتائج.

2 - صعوبة التحكم في جميع المتغيرات والعوامل التي تؤثر في الظاهرة أو الحدث نظراً لصعوبة حصرها وتحديدها.

3-  المنهج التجريبي هو منهج مقيد واصطناعي لأنه يتم في ظروف غير طبيعية وقد تختلف هذه الظروف باختلاف الباحثين وباختلاف الأشخاص الذين تجري عليهم التجربة.

4 - صعوبة تحقيق الضبط التجريبي في المواضيع والمواقف الاجتماعية وذلك بسبب الطبيعة المميزة للإنسان الذي هو محور الدراسات الاجتماعية، والتي تنعكس في إرادة الإنسان وقدراته على تغيير انماط سلوكه بشكل يؤثر على التجربة وعلى نتائجها.

5- فقدان عامل التلقائية في التصرف، والميل نحو التصنع عندما يعلم الإنسان إنه مستهدف وتحت التجربة والملاحظة.

6 - صعوبة التحكم في جميع ظروف الموقف التجريبي والمتغيرات عدا المتغير الواحد المستقل

7- يعتبر البعض أن الباحث ذاته هو متغير ثالث يضاف إلى متغيرات المنهج التجريبي "المتغير المستقل والمتغير التابع" وقد يؤثر على البحث.

8-  هناك الكثير من القوانين والتقاليد والقيم التي قد تقف عقبة بوجه إخضاع الكائنات الإنسانية للتجربة حيث إنه قد يكون للمنهج التجريبي تأثير مادي أو معنوي نفسي على الإنسان أو مجموعة الناس الخاضعين للتجربة المعينة.

9- إن المنهج التجريبي يستخدم الوحدات الصغيرة كالأفراد والجماعات المحللة العدد ويتعذر استخدامها مع وحدات كبيرة مثل: المجتمع المحلي، والمجتمع القومي الإقليمي.