قال الشيخ الأجلُّ الاقدم ابو محمد الحسن بن موسى النوبختي في كتاب الفرق : ولد موسى بن جعفر (عليه السلام) في سنة ثمان وعشرين ومئة وقال بعضهم سنة تسع وحمله الرشيد من المدينة لعشر ليال بقين من شوال سنة تسع وسبعين ومئة وقد قدم هارون الرشيد المدينة منصرفاً من عمرة شهر رمضان ثم شخص هارون الى الحج وحمله معه ثم انصرف على طريق البصرة فحبسه عند عيسى بن جعفر بن أبي جعفر المنصور ثم أشخصه الى بغداد فحبسه عند السندي بن شاهك فتوفي في حبسه ببغداد لخمس ليال بقين من رجب سنة 183هـ ثلاث وثمانين ومئة وهو ابن خمس او اربع وخمسين سنة ودفن في مقابر قريش .

ويقال في رواية اخرى : انه دفن بقيوده وانه اوصى بذلك فكانت امامته خمساً وثلاثين سنة وشهوراً .

وفي الدّر النظيم  : دفن ببغداد في مقابر قريش في بقعة كان قبل وفاته قد ابتاعها لنفسه .

وروى الشيخ الكليني عن علي بن ابراهيم عن محمد بن عيسى عن مسافر قال امر ابو ابراهيم (عليه السلام) حين اخرج به ابا الحسن (عليه السلام) ان ينام على بابه في كلّ ليلة ابداً ما كان حياً الى ان يأتيه خبره قال : فكنا في كل ليلة نفرش لأبي الحسن (عليه السلام) في الدهليز ثم يأتي بعد العشاء فينام فاذا اصبح انصرف الى منزله قال فمكث على هذه الحال اربع سنين فلما كانت ليلة من الليالي ابطأ عنا وفرش له فلم يأت كما كان يأتي فاستوحش العيال وذعروا ودخلنا امر عظيم من ابطائه فلما كان من الغد اتى الدار ودخل الى العيال وقصد الى ام احمد فقال لها : هاتي الذي اودعك أبي، فصرخت ولطمت وجهها وشقت جيبها وقالت مات واللّه سيدي فكفّها وقال لها : لا تتكلمي بشيء حتى يجيء الخبر الى الوالي فاخرجت اليه سفطاً والفي دينار او اربعة آلاف دينار فدفعت ذلك اجمع اليه دون غيره وقالت انه قال فيما بيني وبينه ، وكانت اثيرة عنده ، احتفظي بهذه الوديعة عندك لا تطلعي عليها احداً حتى اموت فاذا مضيت فمن أتاك من وُلدي فطلبها منك فادفعيها اليه واعلمي اني قد متُّ وقد جاءتني واللّه علامة سيدي فقبض ذلك منها وامرهم بالإمساك جميعاً الى ان ورد الخبر وانصرف فلم يعد بشيء من المبيت كما كان يفعل ؛ فما لبثنا الا اياماً يسيرة حتى جاءت الخريطة بنعيه فعددنا الايام وتفقدنا الوقت فاذا هو قد مات في الوقت الذي فعل ابو الحسن (عليه السلام) ما فعل من تخلّفه عن المبيت وقبضه لما قبض .