قد تحتوي الببتيدات على أحماض أمينية  غير مألوفة

تحتوى العديد من الببتيدات المنتجة من قبل الفطريات والجراثيم  والحيوانات  الدنيا على أحماض أمينية غير موجودة في البروتينات عموما. فعديدات الببتيد الحلقية ، التيروسيدين (Tyrocidin) والجراميسيدين Gramicidin S) S)، وهي عبارة عن مضادات حيوية فطرية يتم تخليقها الحيوي بشكل مستقل عن جزيئات الرنا المرسال (mRNAs)، تحتوى على الفينيل الانين الميمن  (-D) والأورنيثين المضاهي لليزين (انظر الفصل 13). كما أن الببتيدات الجوثومية ، النيزين (Nisin) والسوبتيلين (Subtilin) والإيبيدرمين (Epidermin)، وهي عبارة عن مضادات حيوية مكونة من طلائع تتجمع على الريباسات ، تحوي الحمض الأميني غير المألوف ،انثولين (Lantholine). وبالرغم من وجود الأحماض الآمينية  الميمنة في الببتيدات القصيرة المتحررة من بعض الحيوانات فإنه من غير الواضح أنها موجودة عند الإنسان. وكأمثلة على ذلك نذكر الديرمورفين (Dermorphin) والدلتورفين (Deltorphin)، وهما عبارة عن أفيونيات (Opiates) سباعية الببتيد Heptapeptides)) موجودة في جلد ضفادع الأشجار في أمريكا الجنوبية وتحتويان على التيروزين الميمن والالانين الميمن. لاحظ أن تقنيات السلسلة ((Sequencing المذكورة أدناه لا تستطيع التمييز بين المصاوغات الميمنة و المياسرة للأحماض الامينية.

يتطلب عمل العديد من الإنزيمات وجود الجلوتاثيون ، وهو عبارة عن ثلاثي ببتيد يرتبط فيه الجلوتامات الموجود في النهاية الامينية مع السيستيين برابطة ليست من النوع ألفا (الشكل 5-4). ويشارك الجلوتاثيون مع مختزلة الجلوتاثيون (Glutathione reductase) في تشكيل الروابط ثنائية السلفيد (Disulfide bonds) في العديد من البروتينات والهرمونات عديدة الببتيد وفي أيض المركبات الأجنبية بيولوجيا (Xenobiotics) .

ويعطي الهرمون المطلق لموجهة الدرقية (Thyrotropin-releasing (TRH) (hormone (الشكل 5-(5 مثالا اخر عن وجود الاحماض الأمينية غير المألوفة حيث يتحلق الجلوتامات الموجود في نهايته الأمينية ليشكل حمض البيروجلوتاميك (Pyroglutamic acid)، كما تتحول الزمرة الكربوكسيلية لبروليل الموجود في النهاية الكربوكسيلية إلى أميد.

وقد يحتوي عديد الببتيد في الثدييات على أكثر من عديد ببتيد فعال فيزيولوجياً ، فالبنية الاولية لليبوتروبين — بيتا — (P- Lipotropin) (الهرمون التحامي الذي يحرض على تحرير الأحماض الدهنية من النسيج الشحمي) تحتوي على متتاليات من الاحماض الأمينية مشتركة مع العديد من الهرمونات الببتيدية الأخرى ذات الفعاليات الفيزيولوجية المتنوعة (الشكل 5-(6. أي أن عديد الببتيد الكبير هو طليعة لمجموعة من عديدات الببتيد الأصغر.