يتكاثر الفلفل بالبذور التي قد تزرع في المشتل أولا، أو قد تزرع في الحقل الدائم مباشرة. ويلزم نحو 250 - 400 جم من البذور لإنتاج شتلات تكفي لزراعة فدان.

تزرع البذور قبل الموعد المتوقع للشتل بنحو 7 - 10 أسابيع، ويتوقف ذلك على درجة الحرارة السائدة ؛ حيث تزيد المدة في الجو البارد نسبيا ، وإن أمكن التحكم في درجة حرارة المشاتل فإنه يفضل أن تكون درجة الحرارة قبل الإنبات 24° م ليلا ونهارا ، ثم تخفض درجة الحرارة ليلا بعد الإنبات إلى 18 م ، بينما تبقى درجة الحرارة نهارا على ما هي عليه . وتكون زراعة البذور في سطور تبعد عن بعضها بمسافة 25 سم في أحواض مساحتها 2×2م أو 2×3 م ، كما تكون النباتات جاهزة للشتل عندما يبلغ طول نموها الخضري من 10 - 20 سم.

يشتل الفلفل يدويا أو اليا على خطوط بعرض 70 - 80 سم (أي يكون التخطيط بمعدل 9-10 خطوط في القصبتين)، ويتم الشتل على الريشة (جانب الخط) الشمالية، أو الغربية، وعلى مسافة 30 - 50 سم بين النبات والآخر حسب الصنف، وحسب مدى انتشار نموه الخضري. ويفضل لإحكام عملية الشتل أن يروي الحقل رية "كدابة"، ثم يجري الشتل بعد ذلك بيومين، وتثبت النباتات في التربة جيدا، وعلى ذلك ري الحقل رية خفيفة (تجرية). ويحسن - عند اتباع هذه الطريقة - أن يضاف نحو 100 مل من أحد المحاليل البادية عن الشتل، وهي محاليل سمادية ، بها أسمدة ذائبة بتركيزات مخففة لمساعدة الشتلة على النمو الجيد، ومواجهة الظروف غير المناسبة لها بعد الشتل.