مما له علاقة وطيدة وتأسيسيّة بعليّة العلم وحركة الفكر هو الافتراض، فهو يدخل في صميم الدراسات التي تهتم باشكاليّة العلم ومنهجيته وموضوعه.
القرآن الكريم يحتوي على أمثلة كثيرة ومتنوّعة من الافتراضات. وهو يعرض قضاياه على العقل الإنساني. قال تعالى : {أَفَرَأَيْتُمْ مَا تُمْنُونَ (58) أَأَنْتُمْ تَخْلُقُونَهُ أَمْ نَحْنُ الْخَالِقُونَ} [الواقعة : 58، 59]  ‏. {أَفَرَأَيْتُمْ مَا تَحْرُثُونَ (63) أَأَنْتُمْ تَزْرَعُونَهُ أَمْ نَحْنُ الزَّارِعُونَ} [الواقعة : 63، 64] ‏. {أَفَرَأَيْتُمُ النَّارَ الَّتِي تُورُونَ (71) أَأَنْتُمْ أَنْشَأْتُمْ شَجَرَتَهَا أَمْ نَحْنُ الْمُنْشِئُونَ} [الواقعة : 71، 72]  . { أَمْ خُلِقُوا مِنْ غَيْرِ شَيْءٍ أَمْ هُمُ الْخَالِقُونَ } [الطور : 35] .
هكذا يطرح القرآن الافتراض بالطريقة التي يوفر فيها للعقل حرية الحركة بين الاحتمالات المفترضة، الأمر الذي يكشف عن صيرورة الفكر الحر في القرآن الكريم.