Protein Data Bank
 
قاعدة او ارشيف يضم التراكيب الثلاثية المجسمة لعدد كبير من البروتينات التي تم تحديد تراكيبها باستعمال X- Ray او الرنين النووي المغناطيسي NMR ،الاصل لها يوجد في Brookhaven National Library .

التراكيب الموجودة فيها تعد الاساس في اكتشاف او تصميم العديد من الادوية . وفي العادة يتم انتخاب الموديل الاكثر ملائمة بعدد من البرامج مثل QMean وغيره :
د

تعد القاعدة او البنك مركزا" عالميا" للمعلومات التركيبية الخاصة بالجزيئات العملاقة ( وهي البروتينات على وجه الخصوص)  ويدار من قبل مؤسسة خاصة (Research Collaboratory for Structural Bioinformatics) وموقع البنك على شبكة الانترنيت يوفر العديد من الخدمات مثل إمكانية إيداع البروتينات .
الجديدة وكذلك البحث عن البيانات وإمكانية استردادها . وبذا يمكن للمستخدم ان يحصل على ملخص عن البروتين وتركيبه ، فضلا" عن إمكانية الحصول على صور للبروتين باستعمال الروابط الخاصة ببرامج الرسوم مثل RasMol وغيرها بدرجات وضوح مختلفة وتوفر مخرجات الموقع الناتجة الحصول على إحداثيات الذرات في البروتين ، والبحوث الخاصة بالبروتين .
والجدير بالذكر ان أكثر مداخل القاعدة مخصصة للبروتينات التي تم دراستها باستعمال الأشعة السينية والقليل منها يعتمد على الرنين النووي المغناطيسي.
كل بروتين له مدخل خاص PDB Id يتكون من رموز أما حرفية (Z – A) يتبعه رقم (0-9) مثل ILYZ,  4RCR ويمكن البحث في هذه البنك او القاعدة باستعمال الرقم التعريفي او استعمال كلمات مفتاحية ذات علاقة بتهميش البروتين . ومن الجدير بالذكر ان بعض البرامج الخاصة بدراسة البروتينات يكون أساسها الرقم التعريفي لانجازها المهام المنوطة بها .
وصيغ المخرجات للبنك فضلا" عما ذكر أعلاه من توفير إحداثيات الذرات فهي توفر المراجع العلمية الخاصة بالبروتين ، وطرق تحديد تركيبه والمؤشرات البلورية وتوالي البروتين والعوامل المرافقة والتي تقع ضمن التقريرالمرفق HETAM أي المجاميع المتباينة Heteroatom Group وتشمل فضلا" عن العوامل المساعدة ومواد الأساس ان كان إنزيما" ، ووصف لأنواع التركيب الذي يمكن ان يكونه ووصف لموقع البروتين في الخلية .
ولكن ما يؤثر بشكل سلبي في استعمال قاعدة البنك هو عدم سعته لاستيعاب عدد كبير من التواليات ( مثلا" أكثر من 26 توالي ) وهذا يعني ان المعقدات البروتينية الكبيرة مثل الرايبوزوم لا يمكن ان تمثل بملف PDB واحد وانما يجب ان تقسم الى عدة ملفات . وهذه التقيدات أدت الى تطوير صيغ جديدة للتعامل مع الأعداد المتزايدة والمعلومات الهائلة حول تركيب البروتينات وتظهر مخرجاتها بشكل ASN. File وغيرها وتحوي على معلومات إضافية تساعد في رسم شكل البروتين .