معجزاته (صلّى اللّه عليه و آله) في الجمادات و النباتات، كسلام الشجر و المدر عليه، و مشي الشجرة بأمره، و تسبيح الحجر بيده، و انقلاب الجذع سيفا لعكاشة في بدر و لعبد اللّه بن جحش في احد، و انقلاب سعف النخلة سيفا لأبي دجانة و انغماس قوائم جواد سراقة في الارض لمّا تبع النبي (صلّى اللّه عليه و آله) في اوّل الهجرة، فنكتفي هنا بذكر جملة منها:

الاولى: روت العامة و الخاصة بأسانيد معتبرة: «انّ النبي (صلّى اللّه عليه و آله) لمّا بنى مسجده كان فيه جذع نخل الى جانب المحراب يابس عتيق، اذا خطب يستند عليه، فلمّا اتخذ له المنبر و صعد حنّ ذلك الجذع كحنين الناقة الى فصيلها، فنزل رسول اللّه (صلّى اللّه عليه و آله) فاحتضنه فسكن من الحنين، ثم رجع رسول اللّه (صلّى اللّه عليه و آله) و يسمّى الحنّانة الى أن هدم بنو أميّة المسجد و جدّدوا بناءه فقلعوا الجذع».

وفي رواية انه قال (صلّى اللّه عليه و آله): لو لم أحتضنه لحنّ الى يوم القيامة.

وورد في رواية أخرى ان رسول اللّه (صلّى اللّه عليه و آله) أمر بقطع ذلك الجذع و دفنه تحت المنبر.

الثانية: «قال أمير المؤمنين (عليه السّلام): و لقد كنت معه لمّا أتاه الملأ من قريش، فقالوا: يا محمد انّك قد ادّعيت عظيما لم يدعه آباؤك و لا أحد من بيتك و نحن نسألك أمرا إن أنت أجبتنا إليه و أريتناه علمنا انّك نبيّ و رسول، و إن لم تفعل علمنا انك ساحر كذاب، فقال (صلّى اللّه عليه و آله): «و ما تسألون؟».

قالوا: تدعو لنا هذه الشجرة حتى تنقلع بعروقها و تقف بين يديك، فقال (صلّى اللّه عليه و آله): إنّ اللّه على كل شيء قدير، فإن فعل اللّه لكم ذلك، أ تؤمنون و تشهدون بالحقّ؟ .

قالوا: نعم.

قال: فانّي سأوريكم ما تطلبون و انّي لأعلم انّكم لا تفيئون الى خير و انّ فيكم من يطرح في القليب و من يحزّب الاحزاب، ثم قال (صلّى اللّه عليه و آله): يا ايتها الشجرة! إن كنت تؤمنين باللّه و اليوم الآخر و تعلمين إني رسول اللّه، فانقلعي بعروقك حتى تقفي بين يديّ بأذن اللّه، فو الذي بعثه بالحق، لانقلعت بعروقها، و جاءت و لها دويّ شديد و قصف كقصف أجنحة الطير حتى وقفت بين يدي رسول اللّه (صلّى اللّه عليه و آله) مرفرفة وألقت بغصنها الاعلى على رسول اللّه (صلّى اللّه عليه و آله)و ببعض أغصانها على منكبي، و كنت عن يمينه (صلّى اللّه عليه و آله) فلمّا نظر القوم الى ذلك قالوا علوّا و استكبارا: فمرها فليأتك نصفها و يبقى نصفها، فأمرها بذلك، فاقبل إليه نصفها كأعجب اقبال و أشده دويّا، فكادت تلتف برسول اللّه (صلّى اللّه عليه وآله) فقالوا كفرا و عتوّا: فمر هذا النصف فليرجع الى نصفه كما كان، فأمره (صلّى اللّه عليه و آله) فرجع، فقلت أنا: لا إله الّا اللّه، انّي اوّل مؤمن بك يا رسول اللّه و اوّل من أقرّ بأنّ الشجرة فعلت ما فعلت بأمر اللّه تعالى تصديقا بنبوّتك، و اجلالا لكلمتك، فقال القوم كلّهم: بل ساحر كذّاب، عجيب السحر، خفيف فيه، و هل يصدقك في أمرك الّا مثل هذا؟! (يعنونني)» .

يقول المؤلف: انّ مؤلف ناسخ التواريخ يقول: هذه المعجزة المنقولة عن لسان علي (عليه السّلام) في حق رسول اللّه (صلّى اللّه عليه و آله)، تشبه قضية ابرهة و ظهور الابابيل، لان عليا (عليه السّلام) كان وصيّ النبي (صلّى اللّه عليه و آله) ومفترض الطاعة و صادقا و مصدقا، و لا يمكن أن يكذب على رسول اللّه (صلّى اللّه عليه و آله) في اطاعة الشجرة له و مجيئها إليه ثم رجوعها الى مكانها لا سيما مع استماع اكثر من عشرين الف نفر في‏ مسجد الكوفة و فيهم من حضر ذلك الموقف و شاهد هذه المعجزة، و أيضا لا يمكن القول بتحريف خطبة علي (عليه السّلام) لمكانتها من البلاغة و الفصاحة.

الرابعة: روى ابن شهرآشوب: «انّ الطفيل بن عمرو نهته قريش عن قرب النبي (صلّى اللّه عليه و آله) فدخل المسجد محشّوا أذنيه بكرسف لكيلا يسمع صوته، فكان يسمع، فأسلم، ثم قال: يا رسول اللّه انّي امرئ مطاع في قومي فادع اللّه ان يجعل لي آية تكون لي عونا على ما ادعوهم الى الاسلام، فقال (صلّى اللّه عليه و آله) : (اللهم اجعل له آية)، فانصرف الى قومه اذ رأى نورا في طرف سوطه كالقنديل» .