والمقصود منها حكم الشارع بالطهارة الظاهريّة في حالات الشك بقطع النظر عن كون متعلّق الشك هو الحكم أو الموضوع أو قل سواء كان الشك بنحو الشبهة الحكميّة أو كان بنحو الشبهة الموضوعيّة ، فلو وقع الشك في نجاسة الكتابي وطهارته فإنّ أصالة الطهارة تقتضي الحكم بالطهارة الظاهريّة وهكذا لو وقع الشك في خمريّة هذا المائع فيكون نجسا أو عدم خمريته فيكون طاهرا فإنّ أصالة الطهارة تقتضي الحكم بطهارة هذا المائع المشكوك الخمرية.

ثم انّ أصالة الطهارة لم تبحث في علم الاصول ، وعلّل صاحب الكفاية رحمه ‌الله ذلك بأنّ أصالة الطهارة ليست مطردة في تمام أبواب الفقه بل هي مختصّة بباب الطهارة خلافا لسائر المسائل الاصوليّة والتي تقع نتيجتها في استنباط الحكم الشرعي بقطع النظر عن موقع هذا الحكم في الفقه ، أي انّ نتيجة المسألة الاصوليّة لا تختصّ بباب من أبواب الفقه دون باب.

وأورد السيّد الخوئي رحمه ‌الله على ذلك بأنّ ضابطة المسألة الاصوليّة هو وقوع نتيجتها في طريق استنباط الحكم الشرعي ولا يعتبر في اصوليّة المسألة ان تكون نتيجتها مطردة في جميع أبواب الفقه. ثمّ ذكر ان منشأ عدم تعرض الاصوليين لأصالة الطهارة في علم الاصول هو وضوحها وعدم وقوع الخلاف في حجيّتها وانّها من الاصول العمليّة المقرّرة لوظيفة المكلّف في ظرف الشك.