وهي تتضمن البروتينات مع وزن جزيئي من 35000 إلى أكثر من عدة ملايين وتتألف من عدد من الوحدات الببتيدية المتعددة لتكوين إنزيمات فعالـه تحفيزيـا وهي تتكون من اثنين أو أكثر من السلاسل الببتيدية المتعددة والذي ترتبط فيما بينها بواسطة أواصر غير تساهمية ولا تشترك الأواصر الببتيدية في ربط السلاسل الببتيدية المتعددة فيما بينها ويطلق على سلسلة الببتيد المكونة للبروتينات بالوحدة الفرعية حيث تتكون الإنزيمات من عدد كبير من الوحدات الفرعية وقد تكون الوحدات الفرعية متشابه أو مختلفة عن بعضها البعض الآخر، فالوحدات الفرعية المشابه protomer وتتكون جميع الإنزيمات المشتركة في عملية انحلال السكر glycolysis أما من وحدتين فرعيتين أو أربع وحدات فرعية هي متصلة فيما بينها في الحالة الطبيعية وتنفصل عن بعضها البعض الآخر أثناء عملية فصل هذه الإنزيمات وتخلق بصيغتها الفعالة وينظم نشاطها بواسطة feedback inhibition وتستطيع تنظيم نشاطها وتملك مواقع ربط مختلفة للمادة الأساس على جزيئة الإنزيم، فعلى سبيل المثال فأن pyruvate kinase الموجود في العضلات هو عبارة عن إنزيم يتكون من أربع وحدات فرعية tetramer وهو يحتاج إلى أيون موجب ثنائي الشحنه مثل أيون المنغنيز والمغنيسيوم الذي ترتبط منطقة الموقع الفعال ويتكون من وحدتين فرعيتين dimer والذي تحتاج إلى ايونين من أيونات المغنيسيوم لجعل المركب dimer فعال وبحاجة إلى أيونين من أيونات المغنيسيوم لكل موقع فعال عند ارتباط المادة الأساس بالإنزيم alcohol dehydrogenase من كبد الحصان هو عبارة عن إنزيم ثنائي الوحدات الفرعية dimer الذي يتكون من وحدتين فرعيتين هما موقع لربط المرافق الإنزيمي ⁺NAD ولا يوجد أي أيونات معدنية مرتبطة بالإنزيم، ارتباط المرافق الإنزيمي بالإنزيم يسبب تغيرات تركيبية في الإنزيم.