يعد دخول الأحماض الدهنية المشبعة بشكل al-Co إلى حشوة المايتوكوندريا يطرأ عليها نزع ذرتي هيدروجين إنزيميا في ذرات الكربون ألنا وبيتا ذرات) الكربون الثانية والثالثة) لتكوين اصرة مزدوجة في سلسلة الكربون مما ينتج trans-A-enoyl-Co بوجود إنزيم

acyl-CoA dehydrogenase

Fatty acid-S-CoA + E-FAD

↕                       

Trans-A2-erfoyl-S-CoA + E-FADH2

حيث يتم نزع ذرتي هيدروجين من الحامض الدهني الأثيلي ونقلها إلى FAD الذي هي المجموعة الرابطة المرتبطة بقوة مع الإنزيم وتحدث أكسدة الأحماض الدهنية المستلمة من قبل السايتوسول من بعض الأحماض الدهنية التي مصدرها الدم أو الناتجة عن هدم الكليسريدات الثلاثية الخلوية بواسطة lipase، فأول التفاعلات الإنزيمية للأحماض الدهنية تحفز بواسطة al-Co synthetase الذي يحفز التفاعل التالي.

RCOOH + ATP + CoASH↔ RCOSCoA +AMP + Pi