تنشأ الطفرات في المجاميع البكتيرية باستمرار لأسباب تعود الى اخطاء ترتكب اثناء التضاعف. فإذا اعطت طفرة معينة اي فائدة استثنائية (مثل مقاومة المضادات الحيوية فأن البكتريا المطفرة سرعان ما تصبح المكون الرئيسي للمجموعة البكتيرية وذلك يعود الى معدل التكاثر السريع للبكتريا. بالإضافة الى ذلك فطالما ان البكتريا من الكائنات وحيدة المجموعة الكروموسومية haploid (تحتوي كروموسوم واحد) فأن اي طفرة حتى وان كانت متنحية سوف يتم التعبير عنها. وهكذا فأن طفرة في المجاميع البكتيرية يمكن ان تشكل مشكلة في علاج الاصابات البكتيرية. وليس الطفرات فقط ممكن ان تشكل مشكلة بل حتى الاليات التي تمتلكها البكتريا والتي يمكن للجينات المسئولة عنها ان تنتقل من بكتريا لأخرى. ولذلك فالطفرة التي تنشأ في خلية بكتيرية معينة يمكن ان تنتقل الى خلية اخرى.

يعتبر انتقال الجينات في البكتريا احادي الاتجاه من الخلية المانحة الى الخلية المستلمة، وعادتا تعطي الخلية المانحة جزء صغير من الدنا DNA خاصتها الى الخلية المستلمة. ولهذا فاللاقحة الكاملة complete zygotes لا يمكن ان تتكون وتتكون بدل منها اللاقحة الجزئية partial zygotes (تدعى merozygotes). كما تنتقل الجينات البكتيرية الى افراد من نفس النوع ولكن في بعض الاحيان يمكن ان تنتقل الى الانواع الاخرى.