هناك العديد من المشروعات التي يمكن اقامتها في السودان الشقيق لتقليل فواقد النهر وبالتالي زيادة ايراده في مستنقعات بحري الجبل والزراف (وهو مشروع قناة مناصفة جونجلى) ومستنقعات مشار وحوض نهر السوباط ومستنقعات حوض بحر الغزال تقدر الدراسات التي قامت بهما كلا من مصر والسودان أن هذه المشروعات مجتمعه يمكن إن توفر 18 مليار متر مكعب سنويا مقاس عند اسوان ، تقسم بين مصر والسودان وقد قدرت المبالغ المطلوبة لهذه المشروعات عام 1977 بحوالي 600 مليون جنيه مصريا ولكن لإمكانية السير قدما في هذه المشروعات فأنه لابد من استقرار السودان وإنهاء مشكلة الجنوب ووجود علاقة جيدة بين دول حوض النيل. وكانت مصر والسودان قد بدأتا فعلا في تنفيذ أول هذه المشروعات فمثلاً في مشروع قناة جونجلى المرحلة الأولى لتقليل الفواقد من مستنقعات بحرى الجبل والزراف وزيادة إيراد النهر بحوالي 4 مليار متر مكعب مقاسه عند أسوان. ولكن توقف حفر القناة نتيجة للحرب الأهلية فى جنوب السودان وذلك بعد حفر 70% منها بطول 240 كيلومتر 50 . وتأمل مصر فى تهيئة الظروف المواتية في دول الحوض لاستكمال المرحلة الأولى لقناة جونجلى وبما يزيد من حصة مصر من مياه النيل بمقدار 2 مليار متر مكعب سنويا لتصبح 57.5 مليا رولكن بالرغم من أن نهاية الحرب الأهلية السودانية بعد سلسلة الاتفاقات الخاصة بتقاسم السلطة والثروة قد فتحت الباب نظرياً أمام تنفيذ مشروعات تطوير الإيرادات المائية لنهر النيل والذى يعتبر جنوب السودان هو المصدر الاساسي لها . ونظرا لان السودان ليس مصدر للمياه التي تحصل عليها مصر بل هو معبر للمياه التي تتدفق إلى مصر من خلال نهر النيل والتي مصدرها هو الهضبتين الاستوائية والإثيوبية أساسا بل السودان نفسه يحصل على حصة من المياه القادمة من الهضبتين المذكورتين وبالتالي فإن السودان في موقع مشابه للذي تحتله مصر في العلاقة مع باقي دول حوض النيل ، وهذا المعبر في حالة وحدة الدولة السودانية أمن بفعل الاتفاقات الموقعة في السابق مع دولة قائمه ومستمرة بفعل الجوار الجغرافي المباشر والمصالح المائية المشتركة وحتى فى حالة الانقسام فأن جنوب السودان الذي يعد هو الآخر معبرا للمياه الى شمال السودان والي مصر والذى يعانى من تخمة مائية سواء من المياه المتدفقة إليه من أوغندة أو إثيوبيا أو من مياه الأمطار التي تسقط عليه مباشرة لمدة تزيد على ستة اشهر في العام ليس أمامه برنامج لتوظيف موارده المائية سوى الاتفاق مع مصر ومع شمال السودان لإقامة مشروعات مائية وزراعية وصناعية مشتركة . علما بأن المشروعات الأساسية لتطويرالإيرادات المائية لنهر النيل من خلال إنقاذ ما يتبدد فى مناطق المستنقعات هي مشروعات موقعها جنوب السودان في مستنقعات بحر الجبل وبحر الغزال ومستنقعات مشار وحتى في حالة توصل مصر لاتفاق مع دول المجرى الأعلى للنيل لإقامة مشروعات مائية لزيادة الإيرادات المائية لنهر النيل فأن هذه المشروعات لابد أن يستتبعها عقد أتفاق مع السودان بجنوبه وشماله .