قد يحتوي الوقود الحيوي للمحركات كميات صغيرة من الماء وتسبب مشكلة، وبما أن الوقود الحيوي لا يمتزج مع الماء، فإنه مثل الإيثانول يمتص الماء من رطوبة الجو ⁽¹⁾. وإن أحد الأسباب التي يمتص بها الوقود الحيوي الماء هو عدم تفاعل الكليسيريدات الأحادية و الثنائية أثناء عملية انتقال الأسترة. وأن هذه الكليسيريدات يمكن أن تعمل كمستحلب يسمح للماء بأن يمتزج مع الوقود الحيوي للمحرك، يضاف إلى ذلك بقاء كمية من الماء من عملية انتقال الأـسترة أو ناتج عن تكثف خزان الخزن.  

          ويسبب وجود الماء مشاكل عديدة يمكن إدراجها في أدناه :-

1-يقلل حرارة الاحتراق الخاصة بالوقود وهذا يعني دخان أكثر ، وبداية عسيره، وطاقة أقل.

2- يسبب تآكلاً في أجزاء منظومة الوقود كمضخات الوقود ، ومضخات الحقن، وأنابيب الوقود ... الخ .

3-وجوده مع المركبات يسبب تعفناً في مرشحات العنصر الورقي في مضخة الوقود وهذا بدوره يؤدي إلى فشل قبل أوانه في مضخة الوقود نتيجة لدخول جزيئات كبيرة فيه.                   

4- قد يتجمد فيشكل بلورات ثلجية درجة حرارتها  صفر مئوي 32) فهرنت) وهذه البلورات تعمل على تكوين الهلام في الوقود الحيوي .

1. يعجل نمو مستعمرات الميكروبات والتي قد تسد منظومة الوقود لذلك فإن مستخدمي الوقود الحيوي يقومون بتسخين خزانات الوقود ليعالجوا مشكلة الميكروبات.

6-  يسبب تأكلا" في مكابس ماكنة الديزل .

     كان من الصعب سابقا قياس مقدار تلوث الوقود الحيوي بالماء، إلا أن القياس أصبح ممكناً وذلك باستخدام متحسس الماء في الزيت لغرض قياس محتوى الماء. إن التلوث بالماء يمثل مشكلة متوقعة عند استخدام بعض الحفازات القاعدية ذات الـ (PH) العالي مثل هيدروكسيد البوتاسيوم⁽²⁾.

--------------------------------------------------------------

1-UFOP- Vnion Zur Forderung von oel . "Biodiesel flower Power : Facts * Arguments * Tips " (PDF) (2007)