1- الحصول على الإنزيم المرغوب بأعلى فعالية (نشاط) ممكنة، ويعتمد ذلك على مقارنة النسبة المئوية لفعالية الإنزيم النقي بفعالية الإنزيم في المصدر الأصلي لمستخلص الإنزيم.

2- احتفاظ الإنزيم بخصائصه بوصفه عاملاً مساعداً بحيث لا يحدث له تحلل (تحطم) Degraded أو تغير في فعاليته نتيجة لعملية المسخ.

3- أن يصبح الإنزيم على درجة عالية من النقاوة بحيث لا يحتوي على أي إنزيمات أخرى أو أي شوائب من جزيئات أخرى ذات وزن جزيئي مرتفع. وتعتبر أفضل صور التنقية هي الحصول على الإنزيم في الصورة البلورية وهذه الصورة تكون ضرورية عند دراسة التركيب الثلاثي الأبعاد للإنزيم والتي يمكن دراستها وتوضيحها عن طريق استخدام تبلور أشعة أكس ray crystallography - X

ويتم تقدير فعالية الإنزيم بوصفه عاملاً مساعداً بطريقة مناسبة تعتمد على معدل اختفاء مادة التفاعل أو معدل ظهور نواتج التفاعل تحت الظروف المناسبة من تركيز مادة التفاعل ( مادة الأساس) والحرارة والأس الهيدروجيني وغيرها.

ويجب متابعة فعالية الإنزيم عند إجراء التنقية وذلك بتتبع الزيادة في معدل الفعالية النوعية لإنزيم Specific activity حتى الوصول الى معدل ثابت لا يحدث بعده زيادة في معدل فعالية الإنزيم عند إجراء خطوات أخرى للتنقية.

تشير المراجع الى وجود ثلاثة مصادر رئيسة للإنزيمات هي المصادر النباتية والحيوانية والأحياء الدقيقة وهناك مصدر آخر وهو التحضيرات الصناعية للإنزيمات.