تستخلص الإنزيمات من الأنسجة الحيوانية أو النباتية أو البكتيريا ، ثم يتم تنقيتها وتستخدم للأغراض الآتية:  

1- دراسة المسارات الأيضية وتنظيم التفاعلات الجارية في ذلك المسار.

2- دراسة تركيب وآلية عمل الإنزيمات Mechanism of action.

3- استخدامها في الصناعة بوصفها عوامل مساعدة بايولوجية لتصنيع الهورمونات والعقاقير والصناعات الغذائية والصناعات الكيميائية.

4- تعطي الإنزيمات مؤشراً لحدوث حالة مرضية معينة أو عدم حدوثها وذلك عند قياس فعاليتهـا فــــي وأنسجة الجسم المختلفة وفيما يأتي الجدول (1-10) يوضح علاقة الإنزيم مع الحالة السريرية.

5- تستخدم بعض الإنزيمات لأغراض علاجية أو مضادات أكسدة أو لقاحات ضد أنواع معينة من الطفيليات. وكمثال استخدامها لإذابة خثرة الدم في المصابين بالخشار Thrombosis أو استخدام بروتيز Protease في عقارات المقاومة لفيروس الأيدز النقص في عوز المناعة المكتسبة).

 6- تستخدم البعض منها بمثابة كواشف في بعض التحاليل المختبرية وكمثال تقدير الكلوكوز باستخدام الإنزيم كلوكوز أوكسديز Glucose oxidase أو تقدير اليوريا باستخدام إنزيم اليوريز Urease

7- استخدام بعض الإنزيمات لغرض تشخيص الأمراض الوراثية مثل إنزيم بوليمريز في تفاعل السلسلة (Polymerase chain reaction (PCR.

تختلف الإنزيمات عن بعضها البعض في بنائها الكيميائي استناداً الى:

أ- تسلسل ونوع وعدد الأحماض الأمينية المكونة لسلاسلها الببتيدية ( التركيب الأولي).

ب التوزيع الفضائي للذرات والمجموعات بالنسبة لبعضها في السلسلة الببتيدية المكونة للإنزيم وهذا يتوقف لحد كبير على درجة الالتفاف أو الالتواء على طول السلسلة الببتيدية (التركيب الثانوي) والذي يؤدي إلى شكل صفيحة أو حلزوني السلسلة.

ج - الشكل المجسامي الثلاثي الأبعاد لجزيئة الإنزيم ( التركيب الثالثي).