ساهم أينشتاين في نشأة النظرية الكمية عندما اكتشف أن الضوء ينتشر على هيئة فوتونات غير متصلة، لكنه مع ظهور مفارقاتها الكثيرة لم يعد يرتاح إليها، معتقداً أنها إما أن تكون خاطئة أو تعبر في أفضل الأحوال عن نصف الحقيقة، ومن أشهر عباراته في هذا المجال: (إن الله سبحانه عندما خلق الكون أقام قوانين واضحة محكمة، ليس فيها مجال للدعابة أو العبث)، وأعلن أن اختلال عالم الكم ليس اختلالاً أساسياً، إنه مظهر مصطنع، فعند مستويات أعمق من الوصف تسود سلامة الحكم على الأمور، وحاول أن يجد هذا المستوى الأعمق من خلال جدل متواصل مع نيلز بور الذي كان يعتقد بأن نظرية الكم تسري على المادة والإشعاع، وكان معهده في كوبنهاجن يرى أن غموض الكم شيء متأصل في الطبيعة، وشن أينشتاين العديد من الهجمات التخيلية (تجارب فكرية) على لا يقينية الكم، قصد منها الكشف عن وجود خطأ منطقي في وجهة النظر العلمية الكمية الجديدة، وهاجم ظاهرة الارتباط المتبادل بين الجسيمات مثل فوتونين متباعدين تماماً يتأثر أحدهما بكل تأثير ينتاب الآخر، وافترض مع بودرلسكي وروزن إن خاصية المكان أو كمية تحرك جسيم توجد بشكل موضوعي، حتى لو كان الجسيم في مكان بعيد، ولم ترصد هذه الخاصية المتضمنة بشكل مباشر، وهذا هو اختلاف وجهة نظر آينشتاين عن بور، فوفقاً لبور لا يمكن ببساطة أن تنسب صفات مثل المكان و كمية الحركة لجسيم إلا إذا قمت بإجراء رصد فعلي له.

اعتقد أينشتاين بأن الكون لا يتمدد ولا ينكمش (سكوني أو استاتيكي) وهذا المفهوم كان شائعاً وقت صياغته للنسبية العامة، فاضطر إلى أن يضيف إلى إحدى معادلاته رقماً يدعى بالثابت الكوني حتى تتسق المعادلة مع هذا الاعتقاد الخاطئ، وعندما أثبت العالمان هابل وهيوميسن في 1921 أن الكون في حالة تمدد، قال أينشتاين عن الثابت الكوني إنه (أكبر خطأ في حياتي)، وكان النموذج الكوني الأصلي لأينشتاين سكونياً متجانساً ذا هندسة كروية، وتسبب تأثيرات الجاذبية تسارعاً في هذا النموذج، وهو أمر لم يكن على هوى أينشتاين، حيث لم يكن من المعروف في زمنه أن الكون يتمدد، لذلك وضع الثابت الكوني المضاد للجاذبية في معادلاته ليعادل سحب الجاذبية للمادة، ويكون له مفعول كثافة طاقة الفراغ، وأصبح هذا المفهوم مألوفاً في نماذج فيزياء الجسيمات ذات الطاقة المرتفعة الذي يعتقد بوجود كثافة طاقة فراغ ضخمة خلال عصر التضخم في بداية الكون، وهذه الطاقة مصحوبة بضغط سالب، ولكن في النسبية العامة يكون للضغط وزن، مما دفعه إلى اختيار ثابته الكوني ليحصل على كون سكوني يحتوي على بعض المادة، ولم تستطع النظرية النسبية العامة أن تجيب على الأسئلة المهمة مثل هل الفضاء فارغ حقاً؟ ويفسر علماء الكون اليوم تسارع تمدد الكون بوجود الطاقة السوداء التي تعتبر أكثر الاكتشافات جدلاً في الفيزياء الحديثة، لتحكمها في تمدد الكون ولا يمكننا التنبؤ بمصير توسع الكون دون فهم طبيعتها الفيزيائية المجهولة.