سادساً: فحص واختبار الرقابة الداخلية   
يتوقف تقدير المدقق لمخاطر الرقابة الداخلية على قيامه باختبارات مدى الالتزام بنظام الرقابة الداخلية الخاص بالمنشأة محل المراجعة، ومن هنا فإن تقدير المراجع للمخاطر الرقابية لا يتوقف على الرقابة الداخلية فحسب، وإنما يتوقف أيضاً على قوة اختبارات مدى الالتزام ، وعلى نتيجة تلك الاختبارات. فإذا كانت النتائج إيجابية فإن تقدير المراجع للمخاطر الرقابية يقل ، وإذا كانت ضعيفة فإن تقدير المراجع للمخاطر الرقابية سوف يرتفع. ولكن ما هي الاجراء ات التي يقوم بها المدقق لتنفيذ اختبارات الرقابة ؟ فيما يلي بعض الطرق والاجراءات الرقابية التي ينفذها المدقق عن اختبار الرقابة الداخلية :
• استفسار الموظفين في مجالات عملهم.
• فحص المستندات (الأدلة المستندية).
• ملاحظة الموظفين من خلال تنفيذهم للسياسات و إجراءات الرقابة.
• إعادة تنفيذ السياسات والإجراءات الرقابية بمعرفة المدقق. 
وتتم دراسة وفحص نظام الرقابة الداخلية في بإتباع أحد الأساليب الآتية:
أولاً: الدراسة التقريرية أو الوصفية للرقابة الداخلية :  
يقوم المراجع أو مساعده بتجهيز قائمة تحتوي على عناوين الأنظمة الفرعية للرقابة الداخلية. ويوجه بعض الأسئلة إلى الموظفين المسؤولين عن أداة كل عملية توضح خط سير العمليات والإجراءات التي تمر بها والمستندات التي تعد من أجلها والدفاتر التي تسجل بها ، وقد يقوم المراجع أو مساعده بتسجيل الإجابات أو قد يترك لموظفي المنشأة أداء هذه المهمة، بعد ذلك يقوم بترتيب الإجابات بحيث تظهر خط سير العملية من بدايتها إلى نهايتها ويحدد ما إذا كان النظام يتضمن ثغرات أو ينقصه بعض الضوابط الرقابية. ويتميز هذا الأسلوب بالسهولة والبساطة حيث يمكن ترك الأسئلة للموظفين ليقوموا بكتابة الشرح المطلوب . ولكن يعاب عليه صعوبة تتبع الشرح المطول في وصف الإجراءات وبالتالي صعوبة التعرف على مواطن الضعف في النظام، كما يمكن أن يحدث سهو عن بعض العناصر الرقابية الهامة. لذلك يصلح هذا الأسلوب للتطبيق في المنشآت الصغيرة والمتوسطة الحجم حيث نظام الرقابة بسيط ومحدود ويسهل تتبع الإجراءات وحيث الشرح غير مطول. 
ثانياً: خرائط التدفق : 
يمكن تصوير نظام الرقابة الداخلية لأي عملية من عمليات المنشأة في شكل خريطة تدفق (معبراً عنه على شكل رموز أو رسومات) تبين الإدارات والأقسام المختصة بأداء العملية (المصدر الذي أمد المستند والجهة التي يرسل إليها) والمستندات التي تعد في كل خطوة والدفاتر التي تثبت بها، والإجراءات التي تتبع لمعالجتها وإتمامها (أي العمليات التشغيلية التي تتم عليها) ويمكن أن يضاف إلى الخريطة رموز توضح الوظائف المعارضة والترخيص بالعملية واعتمادها.
وتتميز هذه الخرائط بأنها تعطى لمعدها ولقارئها فكرة سريعة عن نظام الرقابة وتمكنه بسهولة من الحكم على مدى جودته، وهي بذلك تتفوق على الوصف التفصيلي المكتوب للنظام وأيضاً على قائمة الاستبيان. 
ويعاب على هذه الطريقة أن أعدادها يتطلب وقت طويلاً ، كما أنها قد تكون صعبة الفهم إذا تضمنت تفاصيل كثيرة، فضلاً عن أنها لا تبين الإجراءات الاستثنائية والتي قد تعتبر ذا أهمية كبيرة لتقويم نظام الرقابة الداخلية ويجب مراعاة ما يلي عند إعداد هذه الخرائط :
• يجب استعمال الكتابة بجانب الرموز والرسوم لتكون الخريطة أسهل في الفهم.
• إذا لم تكن الخرائط واضحة تماماً يمكن إضافة معلومات في أسفلها لزيادة الإيضاح .
• يجب أن يوضح بالخريطة مصدر كل مستند (الإدارة أو القسم الذي أعده) والجهة التي يرسل إليها. 
ثالثاً: قائمة الاستبيان  
تتطلب هذه الوسيلة تصميم مجموعة من الاستفسارات تتناول جميع نواحي النشاط داخل المنشأة، وتوزع على العاملين لتلقي الردود عليها ثم تحليل تلك الإجابات للوقوف على مدى كفاية نظام الرقابة الداخلية المطبقة داخل المنشأة ومن الأفضل أن تقسم قائمة الأسئلة إلى عدة أجزاء يخصص كل جزء منها لمجموعة من الأسئلة تتعلق بإحدى مجالات النشاط.
وتعتبر هذه الوسيلة من أكثر الوسائل استخداماً بين مراجعي الحسابات لما تحققه من مزايا عديدة أهمها : 
• إمكانية تخطية جميع المجالات التي تهم مراجع الحسابات عن طريق تصميم مجموعة من الأسئلة لكل مجال. 
• إمكانية استخدام مبدأ التنميط في إعداد القوائم، مما يجعل من الممكن استخدامها قبل البدء في عملية المراجعة بفترة كافية.
• يلقى استخدام قائمة الاستبيان قبولاً عاماً من العملاء بدلاً من أسلوب الاستفسارات وإلقاء الأسئلة والذي قد يعني أنهم محل استجواب أو مساءلة أو أن المراجع يسعى للإيقاع بهم.
ومع ذلك يعاب على قائمة الاستبيان النموذجية أنها قد تحتوي على الخطوط العامة التي تنطبق على جميع المنشآت ذات النشاط المتشابه وبالتالي لا تراعي الظروف الخاصة بالمنشأة، كما أنها قد تستوفي بشكل آلي دون اهتمام، وبالرغم من هذه العيوب فلا زال استخدامها يلقى قبولاً عاماً في كل مكان. 
رابعاً: طريقة الملخص الكتابي
في ظل هذه الطريقة يقوم المراجع بإعداد ملخص كتابي يحدد فيه بالتفصيل الإجراءات والوسائل الواجب توافرها في النظام السليم للرقابة الداخلية، بغية الاسترشاد به في تقييم نظام الرقابة الداخلية في المؤسسة موضوع المراجعة.