وُلد محمد بن علي في المدينة في الأول من شهر رجب عام سبعة وخمسين أو تسعة وخمسين للهجرة .

والده : علي بن الحسين ( ع ) 

وامّه : فاطمة أمّ عبد الله بنت الإمام الحسن المجتبى ( ع ) 

وكنيته : أبو جعفر .

ولقبه : باقر العلوم ، والشاكر ، والهادي .

عاش سبعة وخمسين عاماً واستشهد ( مسموماً ) في اليوم السابع من ذي الحجة سنة مائة وأربعة عشر من الهجرة النبوية وذلك في المدينة المنورة ودفن جسده الطاهر في مقبرة البقيع في المدينة نفسها .

وتدل على إمامته النصوص التي صرّح فيها والده عليّ بن الحسين ( ع ) بإمامته وأوصى بها إليه .

فعن أبي جعفر الباقر ( ع ) قال : « لمّا حضرت علي بن الحسين ( ع ) الوفاة أخرج سفطاً أو صُندوقاً عنده فقال : يا محمد احْمل هذا الصندوق قال : فحمل بين أربعة ، فلمّا توفّي جاء إخوته يدَّعون في الصندوق سهماً قال : والله ما لكم فيه شيء ولو كان لكم فيه شيء ما دفعه إليّ وكان في الصندوق سلاح رسول ‌الله ( ص ) وكُتُبه[1].

وعن عيسى بن عبد الله عن أبيه عن جدّه قال : الْتَفَتَ علي بن الحسين إلى ولده وهو مشرفٌ على الموت وهم مجتمعون عنده ثمّ التفت إلى محمد بن عليّ ابنِهِ فقال : يا محمد هذا الصندوق فاذهب به إلى بيتك ، ثمّ قال : أما إنّه لم‌يكن فيه دينار ولا درهم ولكنه كان مملوءاً علماً[2].

ولقد أخبر رسول الله ( ص ) أصحابه بحفيده هذا وما يتحقق على يديه من إنجازات علمية كبرى بما يظهره من المعارف المختلفة وما يتم على يده من نشر للحقائق في مختلف الأصعدة كالتفسير والعقيدة والموعظة وعلوم الطبيعة ، وكان ( ص ) هو الذي سماه بالباقر ، لأنّه يبقر العلم بقراً ، ويستخرج كنوز المعرفة .

من كلماته :

« مَا شِيبَ شَيْءٌ بِشَيْءٍ أَحْسَنَ مِنْ حِلْمٍ بِعِلْمٍ » .

« الْكَمَالُ كُلُّ الْكَمَالِ التَّفَقُّهُ فِي الدِّينِ وَالصَّبْرُ عَلَى النَّائِبَةِ وَتَقْدِيرُ الْمَعِيشَةِ » .

« لَا يُقْبَلُ عَمَلٌ إِلَّا بِمَعْرِفَةٍ وَلَا مَعْرِفَةَ إِلَّا بِعَمَلٍ وَمَنْ عَرَفَ دَلَّتْهُ مَعْرِفَتُهُ عَلَى الْعَمَلِ وَمَنْ لَمْ يَعْرِفْ فَلَا عَمَلَ لَه »[3]