مرض ابومحمد (عليه السلام) في اول شهر ربيع الاول سنة ستين ومأتين ومات في يوم الجمعة لثمان ليال خلون من هذا الشهر في السنة المذكورة، وله يوم وفاته ثمان وعشرون سنة، ودفن في البيت الذي دفن فيه أبوه من دارهما بسر من رأى ؛ وخلف ابنه المنتظر لدولة الحق، وكان قد اخفى مولده وستر أمره لصعوبة الوقت وشدة طلب سلطان الزمان له، واجتهاده في البحث عن امره ولما شاع من من مذهب الشيعة الامامية فيه وعرف من انتظارهم له، فلم يظهر ولده (عليه السلام) في حياته ولا عرفه الجمهور بعد وفاته .

وتولى جعفر بن علي أخو أبى محمد (عليه السلام) أخذ تركته، وسعى في حبس جواري أبى محمد (عليه السلام) واعتقال حلائله , وشنع على اصحابه بانتظارهم ولده وقطعهم بوجوده والقول بإمامته واغرى بالقوم حتى اخفاهم وجردهم وشردهم وجرى على مخلفي ابو محمد (عليه السلام) بسبب ذلك كل عظيمة من اعتقال وحبس وتهديد وتصغير واستخفاف وذل ولم يظفر السلطان منهم بطائل .

وحاز جعفر تركة ابي محمد (عليه السلام) واجتهد في القيام عند الشيعة مقامه فلم يقبل احد منهم ذلك ولا اعتقده فيه , فصار الى سلطان العصر يلتمس مرتبة اخيه وبذل مالاً جليلاً وتقرب بكل ما ظن انه يتقرب به فلم ينتفع بشي من ذلك .