ولد (عليه السلام) بالمدينة وقبض ببغداد وكان سبب وروده إليها إشخاص المعتصم له من المدينة فورد ببغداد لليلتين بقيتا من المحرم سنة عشرين ومائتين وتوفي بها في ذي القعدة من هذه السنة وقيل إنه مضى مسموما ولم يثبت بذلك عندي خبر فأشهد به ؛ ودفن في مقابر قريش في ظهر جده أبي الحسن موسى بن جعفر (عليه السلام) وكان له يوم قبض خمس وعشرين سنة وأشهر وكان منعوتا بالمنتجب والمرتضى وخلف بعده من الولد عليا ابنه الإمام من بعده وموسى وفاطمة وأمامة ابنتيه ولم يخلف ذكرا غير من سميناه آخر كلامه .

قال ابن الخشاب : ذكر أبي جعفر المرتضى محمد بن علي الرضا بن موسى الأمين بن جعفر الصادق بن محمد الباقر بن علي سيد العابدين بن الحسين بن علي بن أبي طالب (عليه السلام) وبهذا الإسناد عن محمد بن سنان قال مضى المرتضى أبوجعفر الثاني محمد بن علي وهو ابن خمس وعشرين سنة وثلاثة أشهر واثني عشر يوما في سنة مائتين وعشرين من الهجرة وكان مولده سنة مائة وخمس وتسعين من الهجرة فكان مقامه مع أبيه سبع سنين وثلاثة أشهر وقبض في يوم الثلاثاء لست ليال خلون من ذي الحجة سنة مائتين وعشرين وفي رواية أخرى أقام مع أبيه تسع سنين وأشهرا ؛ ولد في رمضان ليلة الجمعة لتسع عشرة ليلة خلت منه سنة خمس وتسعين ومائة وقبض في يوم الثلاثاء لخمس خلون من ذي الحجة سنة عشرين ومائتين أمه أم ولد يقال لها سكينة مريسة ويقال لها حريان والله أعلم لقبه المرتضى والقانع وقبره في بغداد بمقابر قريش يكنى بأبي جعفر .