عادة ما نحدد محتوى الببتيد من الأحماض الأمينية أولا

يجري عادة تحديد الأحماض الأمينية التي تدخل في تركيب الببتيد قبل البدء بسلسلته مما يمكننا من تجنب بعض الأخطاء المحتملة والتأكد لاحقاً من صحة معلومات السلسلة؛ ولذلك تحطم الروابط الببتيدية أولاً بطريقة التحلل المائي، ثم تفصل الأحماض الأمينية المتحررة ويجري التعرف عليها إما بطريقة HPLC أو الاستشراب بتبادل الأيونات.

وفي واقع الأمر، لا توجد طريقة تسمح بحلمهة الببتيدات تماماً دون حدوث ضياع لبعض ثمالاتها. وتقوم الطريقة المتبعة حالياً على حلمهة عدة نسخ من الببتيد في محلول NHCI في الدرجة 110م ضمن أنابيب زجاجية مغلقة ومفرغة من الهواء لمدة 24 و 48 و 72 و96 ساعة. سيؤدي ذلك إلى النتائج التالية:

-       تخريب كل ثمالات التريبتوفان والسستيين.

-       ضياع بعض ثمالات الميثيونين والتيروزين عند وجود الأيونات المعدنية.

-       يكون استخلاص السيرين والثريونين غير كامل.

-       يخسر كل من الجلوتامين وا لأسباراجين زمرته الأمينية ليتحولا إلى جلوتامات وأسبارتات، على التوالي.

-       أما الروابط الببتيدية Ile-Val وVal-Ile وIle-Ile وVal-Val فهي تقاوم التحلل المائي بشدة.

ويمكن التغلب على هذه المشاكل كما يلي:

-       أكسدة السستيين إلى حمض السستييك (مشتق ثابت تجاه الحمض) قبل التحلل المائي.

-       معايرة التريبتوفان بعد التحلل المائي الأساسية (Basic hydrolysis) و (هي العملية التي تخرب السيرين والثريونين والأرجينين والسستيين).

-       أخذ المعلومات عن السيرين والثريونين قبل التحلل المائي مباشرة.

-       تقدير كل من الفالين واللوسين من البيانات التي يتم تجميعها على مدى 96 ساعة.

-       إعطاء المعلومات عن الأحماض الكربوكسيلية وأميداتها على شكل Asx أو Glx.

-       وأخيراً، وبما أن الأجزاء النسبية لكل حمض أميني يجب أن تكون عدداً صحيحاً، لذلك تقرب الأجزاء العشرية لنسب الأحماض الأمينية إلى أقرب رقم صحيح.