تظهر مقارنة المتواليات الببتيدية الثمالات الرئيسة والعلاقات السلالية (تطور السلالات)

تظهر مقارنة البنى الأولية للبروتين نفسه والمأخوذ من كائنات حية ذات قرابة بعيدة وجود عدد قليل من الثمالات التي لا تتغير بين الأنواع (Species) المختلفة. هذه الثمالات المصونة (Conserved)، والتي تقوم عادة بوظائف أساسية، تعطي المفتاح الحيوي الذي يحدد وظيفة البروتين (كمكون هيكلي خلوي أو كناقل للإلكترونات أو كحفاز (Catalyst).

أما مدى الاختلاف بين الأنواع في الثمالات غير المصونة في بروتين ما فيعطي المعلومات حول مدى الاختلاف الحاصل بين الأنواع خلال تطورها، ويتعلق مدى تماثل الثمالات بمدى تقارب العلاقات التطورية فيزيد التماثل مع زيادة التقارب ويزيد الاختلاف مع تباعد العلاقات التطورية. وأول المعلومات كانت حول عديد الببتيد الحامل للإلكترون والواسع الانتشار والمكون من 104-111 ثمالة، السيتوكروم؛ لكن هذه المعلومات تنطبق الآن حقيقة على عدد كبير ومتزايد من البروتينات.

ويمكن الاستدلال على مقارنة المتواليات الببتيدية من خلال الاطلاع على تسلسل الدنا (DNA) في قواعد البيانات المنتشرة في الإنترنت (يمكنك، على سبيل المثال، مراجعة موقع معلومات المركز الوطني للتقنيات البيولوجية على العنوان التالي: http://www3.ncbi.nlm.nih.gov) كما نجم عن التطورات الحديثة في سلسلة المجين (Genome) وخاصة في بدائيات النوى (Prokaryotes) كمية هائلة من قواعد البيانات الخاصة بتسلسل الدنا (DNA) يمكنك، على سبيل المثال، مراجعة الموقع التالي على الإنترنت (http://www.tigr.org/tdb/mdb/mdb.html). لقد حسنت برامج الحاسوب من استخدام قواعد البيانات هذه، حيث تقوم هذه البرامج بمقارنة المتتاليات المكتشفة حديثاً مع المتتاليات المنشورة في قواعد البيانات في أنحاء العالم وتساهم - بالتالي - في إمكانية اعتماد تسلسل البروتينات المرمزة التي نتساءل عنها.