قد تكون الشحنة الإجمالية للحمض الأميني سالبة أو موجبة وقند تكون صفرا

تحتوي الأحماض الامينية في بنيتها على مجموعتين حمضيتين ضعيفتين قابلتين للتأين على الاقل ( الكربوكسيل - ”COOH“ والأمين - ⁺NH₃-) ، ولكل منهما شكلان موجودان في توازن بروتوني وأحد هذين الشكلين يكون مشحوناً :

R- COOH ⇔R - COO + H⁺

⁺R - NH₂ + H⇔ R- NH₃⁺ 

وتشكل المجموعتان الوظيفيتان R-COOH و - NHt الجزء البروتوني أو الحمضي في هذه التوازنات ، في حين تكون المجموعتين الاخريين هما الأسس أو القواعد الإنضمامية ( المقترنة) أي مستقبلات البروتون. وبالرغم من كونهما أحماضاً ضعيفة، فإن الصفة الحمضية للزمرة الكريوكسيلية أقوى بكثير منها للزمرة الامينية، ففي درجة باهاء (pH) البلازما (7.4) أو الحيز داخل الخلوي (7.1) تتأين كل الزمر الكربوكسيلية تقريباً (-R-COO) بينما تبقى معظم الزمر الامينية بشكلها البروتوني (+R-NH3)؛ ويجب  علينا  رسم صيغة الأحماض الأمينية الآيونية الغالبة في الدم والنسج كما هو موضح في الجزء (أ) من الشكل 4-2) ؛ ويطلق تعبير الكهارل المذبذبة (Zwitterions) على الجزيئات التي تحمل العدد نفسه من  الزمر القابلة للتأين التي تحمل شحنات متعاكسة ( أي أن الشحنة الإجمالية للجزيء مساوية للصفر). كما يجب  الانتباه الى أن الصيغة المرسومة في الجزء " ب " من (الشكل 2-4) لا يمكن أن توجد في أي قيمة للباهاء (pH) ، وأنه في درجة الباهاء (pH) المنخفضة بما يكفي لتحويل الزمرة الكربوكسيلية الى الشكل البروتوني ، تكون الزمرة الأمينية حتما في الشكل البروتوني.

وفي الواقع يكون 99% من أي حمض تقريباً بالشكل البروتوني عندما تكون قيمة باهاء (pH) الوسط. أقل من قيمة pKa  الحمض بوحدتين (2- pKa)، وعند رفع درجة الباهاء (pH) تدريجيا فإن البروتونات ستغادر الزمر الكربوكسيلية قبل الأمينية وقت طويل ؛ كما أنه في درجة الباهاء (pH) المرتفعة بما يكفي لتتغلب نسبة الأساس الانضمامي للزمرة الأمينية ، ستكون الزمرة الكربوكسيلية حكما في شكلها الأيوني. ومع كل هذا ، فإننا نستخدم الصيغة الموضحة في الجزاء B من ( الشكل 2-4)  في العديد من التفاعلات التي لا تتضمن توازنات بروتونية.