PAM Matrix

مصفوفات Point Accepted Mutation أنشأت من قبل العالمة M. Dayhoff ولذلك تدعى بعض الأحيان باسمها، اذ صنفت اصطفافات 71 مجموعة من تواليات بروتينية متقاربة جدا، ثم أنشأت بعد ذلك مصفوفات أخرى من PAM اعتمادا على الانفراج او الابتعاد التطوري Evolutionary Divergence بين التواليات من العنقود Cluster او المجموعة نفسها. وتمثل الوحدة الواحدة في هذه المصفوفات 1% من التغيير في مواقع الحوامض الامينية.

يتضمن بناء المصفوفة PAM 1 من الاصطفاف الكامل على طول التواليات ومن ثم بناء أشجار العلاقات التطورية، ثم تشتق درجة PAM لأزواج معينة من الحوامض الامينية من عملية الخطوات المتعددة المتضمنة حساب التطفر النسبي الذي يمثل عدد التغييرات الحاصلة نتيجة الطفرات في التوالي الأصلي (الجد المشترك) لثمالة الحامض الاميني مقسوما على عدد ثمالات الحامض الحاصلة في عملية الاصطفاف ثم تعديل تكرار استبدال الثمالة المتوقعة من الصدفة العشوائية وتحويل الأرقام الناتجة الى قيم لوغاريتمية للأساس 10 لقيم الطفرات المعدلة مقسومة على تكرار الثمالة المعنية، وتقرب القيم الناتجة الى اقرب عدد صحيح وتدخل في مصفوفة الاستبدال التي تعكس الاحتمال الأرجح لاستبدال الحوامض الامينية، وبذلك تنتهي عملية حساب درجة اللوغاريتم الشاذة Log-odds Score . وبعد تجميع كل احتمالات الاستبدال للطفرات الحاصلة للحامض الاميني تكون مصفوفة (20 * 20) PAM قد اكتملت.
وتشير القيم الموجبة في المصفوفة الى حدوث تكرار في الاستبدال أكثر من المتوقع بين الاستبدالات التطورية الثابتة، في حين تشير القيم او الدرجات السالبة الى حدوث الاستبدالات اقل من التكرار المتوقع. ومصفوفات PAM الأخرى ذات الأعداد المتزايدة للتواليات الأكثر تشعباً او المتباعدة من عمليات الضرب لل PAM 1 فمثلا المصفوفة PAM80 هي ناتج حاصل ضرب المصفوفة PAM 1 في نفسها ثمانين مرة . ووضعت القيم الموضحة في الجدول الاتي : 

ويلاحظ من الجدول ان مصفوفة PAM 250 تناظر 20 % من تطابق الحوامض الامينية او تمثل حصول 250 طفرة لكل 100 ثمالة ولذلك تستخدم للتواليات المتشعبة او المنفرجة ، في حين ان مصفوفات PAM ذات الأرقام الواطئة هي الأكثر ملائمة لاصطفاف التواليات ذات العلاقة القريبة. ويوضح الشكل التالي القيم المستنتجة لمصفوفة لاستبدال الحوامض الامينية.