تتعرض الثروة الحيوانية الى العديد من المشاكل التي تحدّ من زيادة أعدادها، وتقلل من كفاءتها الإنتاجية وقد أضعفت كثيراً من مكانتها في الاقتصاد الوطني وأهمها:
1ـ التأثير الكبير للظروف المناخية وخاصة التطرف في درجات الحرارة ارتفاعاً وانخفاضاً، ينجم عنه سرعة تعرض الثروة الحيوانية للأمراض وانتشار الأوبئة بسرعة بين حقول تربيتها والى بطيء نموها، وارتفاع كلف الانتاج عند تكييف الأجواء.
2ـ قلة المراعي الطبيعية وفقرها والحاجة الى تعويضها بأغذية مركزة طبيعية أو صناعية، وخاصة في السنين التي تقل فيها معدلات الأمطار، فيقل النبات الطبيعي الذي يمثل الغذاء الرئيس لحيوانات المراعي الطبيعية.
3 ـ بدائية طرق تربية الحيوانات بالنسبة للجزء الأكبر من الثروة الحيوانية، والافتقار للحضائر النظامية التي توفر ظروفاً مثالية لتربية الحيوانات حيث تتعرض الحيوانات
الى ظروف البيئة الطبيعية مباشرة، أو بقليل من الحماية غير الكافية.
4- تعرض الثروة الحيوانية بكل أنواعها الى الأمراض وبعضها وبائي يفتك بقطعان كبيرة منها لضعف الرقابة الصحية، وقلة كفاءة الخدمات البيطرية، وتردي نوعية وكفاءة اللقاحات والأدوية، وارتفاع أثمانها، وعدم وجود صناعة وطنية لها، مما أدى ويؤدي الى خسائر فادحة للمربين والاقتصاد الوطني، يصعب تعويضها.
5ـ الاستهلاك غير المنظم، سواء بالذبح دون قيود أو رقابة صحية، والذبح خارج المجازر، وذبح الحوامل من الحيوانات، أو تهريب الحيوانات الى خارج البلاد.
6ـ دخول العوامل السياسية كعامل أساسي في تهديد الثروة الحيوانية المحلية والحاق الخسائر بها خدمة لمنافع شخصية أو خارجية.
7ـ الصيد الجائر للطيور الداجنة وغير الداجنة والأسماك وفي غير المواعيد المحددة المسموح خلالها بالصيد والرعي الجائر بأعداد من الحيوانات تفوق قدرة البيئة على الاستيعاب عدداً ونوعاً.
8ـ الخلل والنقص في أحوال النقل والتخزين والتسويق.
9ـ رداءة أصناف الثروة الحيوانية وقلة انتاجيتها من اللحم والحليب والصوف، والحاجة لتضريب الأنواع المحلية بأخرى أجنبية ذات انتاجية عالية.
10ـ اختلال العلاقة بين قطاع الثروة الحيوانية والقطاع الصناعي، فقطاع الثروة الحيوانية ينتج منتجات تدخل كمواد أولية في الصناعة وهي اللحوم والجلود والأصواف والصناعة تنتج الأدوية واللقاحات ووسائل التربية ، وبذا يتوجب أن يخدم أحدهما الآخر.
11ـ توقف الدعم الحكومي أو يكاد لقطاع الثروة الحيوانية، وفقدان دور الدولة في حماية الانتاج المحلي منها.
