يذكر العلّامة الشيخ باقر شريف القرشي(رحمه الله) في كتابه (حياة الإمام الباقر عليه السلام)، أنّه لم يمت الإمام أبو جعفر(عليه السلام) حتف أنفه، وإنّما اغتالته بالسمّ أيدٍ أثيمة لا عهد لها باللّه ولا باليوم الآخر، أمّا الأسباب التي أدّت بالأمويّين إلى اغتيالهم الإمام (عليه السلام) فهي كما يلي:
1 - سموّ شخصيّة الإمام:
لقد كان الإمام أبو جعفر(عليه السلام) أسمى شخصيّةٍ في العالم الإسلاميّ، فقد أجمع المسلمون على تعظيمه والاعتراف له بالفضل، وكان مقصد العلماء من جميع البلاد الإسلاميّة للانتهال من نمير علومه وفضله، التي هي امتدادٌ ذاتيّ لعلوم جدّه رسول الله(صلّى الله عليه وآله).
لقد ملك الإمام (عليه السلام) عواطف الناس واستأثر بإكبارهم وتقديرهم، لأنّه العلم البارز في الأسرة النبويّة، وقد أثارت منزلته الاجتماعيّة غيظ الأمويّين وحقدهم فأجمعوا على اغتياله للتخلّص منه.
2 - أحداث دمشق:
من الأسباب التي أدّت الأمويّين إلى اغتياله (عليه السلام) هي الأحداث التي جرت للإمام حينما كان في دمشق وهي:
أ - تفوّق الإمام في الرمي على بني أميّة وغيرهم حينما دعاه هشام إلى الرمي، ظانّاً أنّه سوف يفشل في رميه فلا يصيب الهدف، فيتّخذ ذلك وسيلةً للحطّ من شأنه والسخرية به أمام أهل الشام، ولمّا رمى الإمام وأصاب الهدف عدّة مرّات بصورةٍ مذهلة لم يعهد لها نظير في علميّات الرمي في العالم، فذُهِل الطاغية هشام وأخذ يتميّز غيظاً وضاقت عليه الأرض بما رحبت، فصمّم منذ ذلك الوقت على اغتياله.
ب - مناظرته مع هشام في شؤون الإمامة وتفوّق الإمام عليه حتّى بان عليه العجز، وقد أدّت إلى حقده عليه.
ج - مناظرته مع عالِم النصارى وتغلّبه عليه حتّى اعترف بالعجز عن مجاراته، وقد أصبحت الحديث الشاغل لجماهير أهل الشام.
وهذه هي أبرز الأسباب التي دفعت الأمويّين إلى اغتيالهم الإمام (عليه السلام)