تختلف الية تخليق الرنا المراسل الفايروسي Viral mRNA حسب نوع الجينوم الفايروسي وكما يأتي:

1. الفايروسات ذات الجينومات الرايبية مفردة الخيط موجبة التوجه

يسلك الجينوم في هذه الفايروسات سلوك الرنا المراسل مباشرة بعد دخول الفايروس إلى خلية النبات ونزع غطائه البروتيني.

2. الفايروسات ذات الجينومات الرايبية مفردة الخيط سالبة التوجه

تحمل هذه الفايروسات إنزيم التضاعف RdRp في جسيماتها وبعد تحرر الجينوم السالب في الخلية يستنسخ فورا الخيط الموجب الذي يعمل على تضاعف الجينوم السالب، وأظهرت الدراسات التي أجريت بتقانة التهجين أن جينوم فايروس الاصفرار الشبكي للجعضيض (SYNV) يستنسخ إلى تعاقب جينومي رايبي ريادي طرفي قصير يسمى Short 3-terminal leader RNA وستة قطع من الرنا المراسلة وذلك بالية معقدة يتم فيها تكوين معقد استنساخي Transcribing Complex وهو عبارة عن الجينوم المرتبط بالبروتين N ومع إنزيم البوليميريز ويقوم هذا المعقد باستنساخ خيط رايبي مفرد يسمى "الخيط الرايبي الريادي" والذي ينتقل إلى نواة خلية العائل ويثبط عملية استنساخ الرنا المراسل الخلوي ثم يقوم باستنساخ الرنا المراسل الفايروسي بمساعدة البروتين N.

3. الفايروسات ذات الجينومات الرايبية مزدوجة الخيط

تمتاز هذه الفايروسات والتي تعود إلى عائلة Reoviridae بجينوماتها المقسمة ما بين 10-12 قطعة وحسب نوع الفايروس ومعظم هذه القطع هي أحادية التشفير Monocistronic أي تشفر نوعا واحدا من البروتينات ولكن وجد أن القطعتين الجينوميتين 7 و 9 لفايروس التقزم والتخطط الأسود للرز (RBSDV) والقطعتين 6 و 8 لفايروس تقزم وخشونة الذرة (MRDV) والقطعتين 7 و 10 لفايروس تقزم وعقم الشوفان (OSDV) والقطعة 11 لفايروس تقزم الرز (RDV) والقطعة الرابعة لأفراد الجنس Oryzavirus  هي ثنائية التشفير Bicistronic أي تشفر نوعين من البروتينات. يستنسخ الرنا المراسل الفايروسي المفرد الخيط الموجب التوجه من كل قطعة جينومية على انفراد والتي تعمل قالبا لاستنساخه بواسطة إنزيم الاستنساخ Transcriptase ويتم ذلك في بداية الإصابة ليخلق لاحقا الخيط السالب من الخيوط الموجبة لإتمام تضاعف الفايروس أي ازدواج خيوطه السالبة والموجبة ورجوعه إلى شكله المزدوج، ووجد أن هذه الفايروسات تتضاعف في أجسام ناقلاتها بنفس طريقة تضاعفها في عوائلها النباتية.

4. الفايروسات ذات الجينومات الرايبية منقوصة الأكسجين مفردة الخيط أو مزدوجة الخيط

يتم في هذين النوعين من الفايروسات تخليق الرنا الفايروسية المراسلة من الخيط المزدوج dsDNA كما في فايروسات Caulimoviruses أو من الخيط المفرد ssDNA كما في فايروسات Geminiviruses و Nanoviruses ويتم ذلك بإنزيم العائل وهو "إنزيم بلمرة الرنا المعتمد على الدنا" DNA dependent RNA polymerase الموجود في نوى خلايا النبات العائل حيث يبدأ هذا الإنزيم بالتخليق بواسطة تعاقبات المنشى الفايروسي" Viral promoter sequence والذي يستعمل حاليا بشكل واسع لنقل الجينات إلى النباتات المعدلة وراثيا.

يعد فايروس موزائيك القرنابيط (CaMV) أحد أكثر الفايروسات دراسة في هذا المجال والذي يمر بطورين للتضاعف وهما الطور الاستنساخي النووي والذي يحصل في النواة والطور الاستنساخي السايتوبلازمي والذي يحصل فيه الإظهار الجينومي والاستنساخ العكسي حيث يتم أولا تحرك الجينوم المزدوج المعدي dsDNA إلى نواة الخلية المصابة ليرتبط مع هستونات كروموسومات الخلية مكونا كروموسوما صغيرا Minichromosome ثم يستخدم إنزيم العائل وهو "إنزيم بلمرة الرنا المعتمد على الدنا" لنسخ نسختين من القطع الرايبية مفردة الخيط RNAs والتي يطلق عليها 35S و 19S فضلا عن إعطاء إشارات إنهاء الاستنساخ متعدد الادنيل" Polyadenalated termination signals.